Cieľom sústavy NATURA 2000 je zachovanie vybraných typov prírodných biotopov a biotopov ohrozených druhov rastlín a živočíchov významných pre Európske spoločenstvá. Vzácnosť a ohrozenosť biotopov a druhov zvierat a rastlín sa posudzujú z hľadiska ich rozšírenia vo všetkých členských krajinách EÚ. Názov NATURA 2000 sa používa pre európsku sústavu chránených území, ktorá je zložená z dvoch typov území.
1. Územia európskeho významu a ich vymedzenie vyplýva pre členské štáty EÚ zo smernice Rady č. 92/43/EHS o ochrane biotopov, voľne žijúcich živočíchov a voľne rastúcich rastlín, známa aj ako smernica o biotopoch.
2. Chránené vtáčie územia a ich vymedzenie vyplýva pre členské štáty EÚ zo smernice Rady č. 79/409/EHS o ochrane voľne žijúcich vtákov, známej aj ako smernica o ochrane vtáctva.

Uznesením vlády č. 636 z 9. júla 2003 bol schválený národný zoznam chránených vtáčích území, čím bola splnená prvá časť záväzku SR, vyplývajúceho z uznesenia vlády č. 1154/2001 do konca decembra 2003 predložiť Európskej komisii návrh území, ktoré SR ponúkne na zaradenie do siete NATURA 2000. Národný zoznam chránených vtáčích území obsahuje 38 lokalít, ktorých rozloha pokrýva 25,2 % územia SR, čo je 1 236 545 ha. Prekrytie s existujúcou sieťou chránených území je 55,15 %. Národný zoznam chránených vtáčích území má pre EÚ len indikatívny charakter. Každé z uvedených území musí byť osobitne vyhlásené všeobecne záväznou vyhláškou MŽP a až takto vyhlásené územie sa automaticky zaraďuje do siete NATURA 2000. Aby sa chránené vtáčie územia uvedené v národnom zozname dostali do siete NATURA, musia byť vyhlásené vyhláškami MŽP. Ak pri vyhlasovaní území nedôjde k dohode s vlastníkmi, nebude ich MŽP môcť vyhlásiť.
O Národnom zozname navrhovaných území európskeho významu, teda území vymedzovaných na základe smernice o biotopoch, rokovala vláda 17. decembra 2003, rokovanie však bolo prerušené. Po schválení zoznamu vládou ho posúdi EK a z území uvedených v zozname vyberá tie, ktoré potom zaradí do siete NATURA 2000. Územie vybrané Európskou komisiou musí SR vyhlásiť za chránené v niektorej z kategórií ochrany stanovenej národnou legislatívou, čo však nie je možné urobiť bez ďalšieho rokovania s vlastníkmi týchto pozemkov.