Štrukturálne fondy sú zamerané na zmenšovanie ekonomických rozdielov medzi regiónmi a sociálnymi skupinami podporou zaostávajúcich a znevýhodnených oblastí. Ide o Európsky fond regionálneho rozvoja - ERDF, Európsky sociálny fond - ESF a Fond na usmerňovanie rybolovu - FIFG. Rovnako sem patria prostriedky z usmerňovacej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu - EAGGF. Záručná sekcia EAGGF však už nepatrí medzi štrukturálne fondy, jej cieľom je podpora poľnohospodárskej produkcie formou priamych platieb a ďalších dotácií.
Prostriedky zo štrukturálnych fondov sú určené na menšie projekty so zámerom dosiahnuť jeden z troch cieľov regionálnej politiky Európskej únie:
Cieľ 1 - pomoc zaostávajúcim regiónom, v ktorých je HDP na obyvateľa za posledné tri roky pod 75 percent priemeru terajších krajín únie. Do tejto kategórie patrí celé Slovensko okrem Bratislavského samosprávneho kraja.
Cieľ 2 - podpora ekonomického a sociálneho približovania regiónov, ktoré čelia štrukturálnym ťažkostiam.
Cieľ 3 - modernizovanie systémov vzdelávania a podpora rozvoja zamestnanosti v znevýhodnených regiónoch.
Kohézny fond alebo fond solidarity je určený na zlepšenie šancí najmenej prosperujúcich štátov. Poskytuje priame finančné prostriedky na veľké projekty s nákladmi vyššími ako 10 miliónov eur podľa pravidla 50:50, čiže polovicu na environmentálne a polovicu na dopravné programy. Rozdiel medzi štrukturálnymi a Kohéznym fondom je tiež v lehote realizácie podporovaných programov, v prvom prípade ide o časový horizont 1 až 2 roky, a v druhom o 5 až 7 rokov.