Mali by byť vytvorené štyri operačné programy:
Košický, Banskobystrický, Nitriansky, Trnavský a Bratislavský kraj pre CBC
Slovensko - Maďarsko
Prešovský, Žilinský kraj pre Slovensko - Poľsko
Žilinský, Trenčiansky, Trnavský kraj pre Slovensko - Česká republika
Bratislavský, Trnavský kraj pre Slovensko - Rakúsko
Transnacionálna spolupráca a spolupráca pri tvorbe sietí a výmenu informácií bude súčasťou regionálnych operačných programov alebo súčasťou Operačného programu Európska teritoriálna spolupráca. Programy hospodárskeho a sociálneho rozvoja samosprávnych krajov a obcí by mali zohľadňovať spomínané tri úrovne programovania. V rámci Národného strategického referenčného rámca alebo v rámci budúcich regionálnych operačných programov by sa mala riešiť aj otázka miest - urban areas. Národný strategický referenčný rámec bude obsahovať mechanizmus pre zabezpečenie koordinácie medzi operačnými programami a fondmi.
V prípade, že sa rozhodne o jednom alebo viacerých regionálnych operačných programoch v rámci cieľa Konvergencia, bude potrebné rozhodnúť o spôsobe riadenia operačných programov. O konkrétnej podobe rozhodne vláda pri schvaľovaní Národného strategického referenčného rámca. Bude musieť vzniknúť certifikačný orgán zodpovedný za certifikáciu výdavkov Európskej komisii a orgánu zodpovedného za prijímanie platieb z EK. V súčasnosti tieto funkcie vykonáva platobný orgán na Ministerstve financií SR. Rovnako bude potrebné určenie orgánov zodpovedných za prevod prostriedkov EÚ konečným prijímateľom. Pre súčasné programové obdobie túto funkciu zabezpečujú platobné jednotky a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom na príslušných ministerstvách zodpovedných za implementáciu fondov EÚ. V prípade, že vláda SR sa pri schvaľovaní Národného strategického referenčného rámca Slovenskej republiky rozhodne pre decentralizované tri centrá v rámci jednotlivých NUTS, bude potrebné čo najrýchlejšie začať budovať inštitucionálnu a administratívnu kapacitu vo vybraných centrách v rámci NUTS II.
| Kohézna politika 2007 – 2013 (336,1 miliárd eur) | |||
| Programy a nástroje | Oprávnenosť | Priority | Príspevky |
| Cieľ Konvergencia | 78,5% (264 miliárd eur) | ||
| Regionálne a národné programy | Regióny s HDP na obyv. menším ako 75 | Inovácia, životné prostredie | 67,34%(177,8miliárd eur) |
| % v EU 15 a väčším ako 75% v EÚ 25 | Predchádzanie rizikám, | ||
| EFRR | Regióny s HDP na obyv. Menším ako 75 | Dostupnosť, infraštruktúra | 8,38%(22,14 miliárd eur) |
| ESF | % v EÚ 15 a väčším ako 75% v EÚ 25 | Ľudské zdroje | |
| Administratívna kapacita | |||
| Kohézny fond | Členské štáty s HND na obyv. Menším | Dopravné služby, udržateľná doprava | 23,86%(62,99 miliárd eur) |
| Ako 90% európskeho priemeru | Životné prostredie, obnoviteľné zdroje | ||
| Energie | |||
| Cieľ Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť | 17,2%(57,9 miliárd eur) | ||
| Regionálne programy (EFRR) a | Členské štáty navrhujú zoznam regiónov | Inovácia, životné prostredie | 83,44% (48,31 miliárd eur) |
| Národné programy (ESF) | (NUTS 1 alebo NUTS 2) | Predchádzanie rizikám, | |
| Regióny „Phasing-in“ pokryté Cieľom 1 | dostupnosť, | 16,56% (9,58 miliárd eur) | |
| V rokoch 2000 až 2006 a nepokryté | Európska stratégia zamestnanosti | ||
| Cieľom Konvergencia | |||
| Cieľ Európska územná spolupráca | 3,94% (13,2 miliárd eur) | ||
| Cezhraničné a nadnárodné programy | Pohraničné regióny a veľké regióny | Inovácia | 35,61% cezhraničné |
| A zdroje (EFRR) | Nadnárodnej spolupráce | Životné prostredie/predchádzanie rizikám | 12,12% Európsky nástroj susedstva a partnerstva |
| Dostupnosť | 47,73% nadnárodné | ||
| Kultúra, vzdelávanie | 4,54% zdroje | ||
| Zdroj: EK | |||