Problémov a nevýhod, ktoré sa môžu vyskytnúť počas využívania hlasových služieb cez internet, je viacero.
Keďže na prenos signálu sa využíva pripojenie do internetu s protokolom IP, môže sa stať, že prenos hlasu nebude vždy dokonalý. V praxi sa to síce nestáva, v prípade pomalšieho pripojenia do internetu však môže dochádzať k strate hlasových signálov transformovaných do tzv. paketov, čo spôsobí, že hlas sa u príjemcu nedekóduje v pôvodnej kvalite, jednoducho - bude trhaný. IP telefónia je závislá od stabilného internetového pripojenia a elektrickej energie - ak nie je niektorá z týchto podmienok splnená, IP telefónia nebude možná. Počas výpadku napájania nebude možné z dôvodu závislosti zariadení od elektriny hlasové služby využívať, čo neplatí o klasickej telefónnej linke, ktorá od týchto faktorov závislá nie je. Myslieť treba i na približne jedno- až dvojsekundové predĺženie nadviazania spojenia s druhou stranou.
Pokiaľ sa rozhodneme pre zriadenie telefónnej linky cez internet, získame vlastné telefónne číslo, na ktoré nám budú môcť volať všetci naši známi. Niektorí provideri poskytujú tzv. geografické, väčšina však negeografické typy telefónnych čísel. Ak máme známeho, ktorý ma pevnú linku od T-Comu a bude nám chcieť zavolať, mali by sme ho upozorniť na skutočnosť, že jeho hovory budú spoplatňované špeciálnou tarifou vzťahujúcou sa na programy hlas cez internet. GTS Nextra poskytuje napríklad negeografické číslo v tvare 06xx - T-Com volania na takéto čísla spoplatňuje sumou 2,20 Sk za minútu hovoru, čo môže byť pre volajúceho značne nevýhodné. Niektoré služby IP telefónie neumožňujú volania na tiesňové linky, akými sú napríklad čísla 112, 155, čí 150. Nepodporujú ich napríklad hlasové služby od T-Comu či GTS Nextra, Slovanet áno.
Keďže vyslaný hlasový signál sa pri tomto type telefonovania premieňa na bitový tok, treba rátať i s tým, že počas telefonovania používateľ prijíma a odosiela určité množstvo dát, čo môže byť zradné najmä pri dátovo limitovaných typoch pripojenia do internetu. Množstvo prenesených dát závisí od kodeku použitého na kompresiu hlasového signálu, v priemere však za jednu hodinu klasického hovoru, pri ktorej jedna aj druhá strana hovorí 30 minút, používateľ príjme asi 20 - 50 MB dát, rovnaké množstvo odošle. Pri voľbe služby treba myslieť aj na tento faktor. Zarozprávať sa počas mesiaca na niekoľko desiatok hodín v prípade bezplatných hovorov do IP siete rovnakého providera nemusí byť problém.
