Pre osudy bankovníctva v období vojnovej Slovenskej republiky boli charakteristické protikladné vývojové tendencie. Vojnová konjunktúra ekonomiky umožnila nárast objemu zverených prostriedkov aj investícií. Suma aktív národne slovenských bánk vzrástla v rokoch 1939 až 1944 z 1,187 na 4,094 miliardy slovenských korún.
Prudké zvyšovanie ekonomických ukazovateľov bolo zároveň dôsledkom politiky vládnych hospodárskych kruhov. Tie v nových podmienkach po nastolení totalitného režimu uskutočnili dlho pripravované plány koncentrácie bánk. Zlučovanie prebiehalo už v medzivojnovom období, ale po roku 1938 sa podstatne urýchlilo. Koncentrácia prebiehala najmä na úkor českého a židovského finančného kapitálu. V rokoch 1938 až 1944 sa počet bánk znížil z 32 na 11 a počet filiálok českých peňažných ústavov klesol zo 16 na dve. Suma aktív zaniknutých bánk a pobočiek predstavovala 3,447 miliardy korún. Najväčší podiel na tomto "mastnom hrnci" malo šesť národne slovenských bánk, ktoré zvýšili svoj podiel na sume zverených prostriedkov v celom bankovníctve Slovenska za roky 1938 až 1944 približne zo 41 na 72 percent. Efekt "hospodárskeho zázraku" slovenských bánk sa však podstatne znížil vynútenou účasťou na financovaní protižidovských opatrení a najmä krytím nákladov na nevýhodnú obchodnú výmenu s nacistickým Nemeckom, ktorá Slovensku priniesla straty okolo sedem miliárd korún.
Nový režim -- nové vedenie
V epicentre pohnutých osudov slovenského bankovníctva počas vojnových rokov stál najväčší komerčný peňažný ústav Tatra banka. Na začiatku sledovaného obdobia sa mala Tatra banka podrobiť sanácii, ktorá by vyriešila jej vleklé hospodárske problémy. Sanáciu schválila vláda medzivojnovej ČSR, ako aj slovenská autonómna vláda na jeseň 1938. Vládna politická garnitúra samostatnej Slovenskej republiky však sanáciu pozastavila. Prezident Jozef Tiso v marci 1939 odvolal správu banky a dosadil osoby blízke novému režimu. Na pozadí koncentrácie peňažníctva vláda plánovala Tatra banku zlúčiť s Ľudovou bankou v Ružomberku, personálne prepojenou s Hlinkovou slovenskou ľudovou stranou. Neskôr od svojho zámeru ustúpila a práve Tatra banku zaradila medzi ústavy s najväčším podielom na preberaní obchodov likvidovaných bánk. Roku 1940 bola Tatra banka konečne sanovaná a následne prevzala podstatnú časť obchodov jedného z najvýznamnejších českých peňažných ústavov Legiobanky na území Slovenska. Legiobanka vybudovala na Slovensku koncern, pozostávajúci z ôsmich pobočiek a troch afilovaných veľkých bánk. Tatra banka z tohto koncernu prevzala obchody v hodnote 487 miliónov korún. Ústretovosť vládnych kruhov však nebola "zadarmo". Poskytnuté sanačné prostriedky vo forme dlhopisov musela Tatra banka vrátiť. Po celý čas splácania sanačnej výpomoci mohla vláda ľubovoľne dosadzovať a odvolávať členov vedenia ústavu, čo v praxi znamenalo, že sa banka stala "rukojemníkom" súdobého režimu.
Zámery vlády
Správa aj obchodné vedenie Tatra banky museli plniť ekonomické, ako aj politické zámery vládnych hospodárskych kruhov. Zárukou plnenia týchto zámerov bolo dosadenie exponenta režimu Rudolfa Kubiša na miesto generálneho riaditeľa banky. Neskôr, na jeseň 1944, bol Kubiš vymenovaný guvernérom Slovenskej národnej banky, po tom, čo dovtedajšieho guvernéra Imrich Karvaša uväznilo Gestapo za účasť na prípravách Slovenského národného povstania. Tatra banka sa musela angažovať vo viacerých vládnych programoch. Jedným z nich bola politicky forsírovaná kapitálová expanzia do inonárodných, predovšetkým českých a židovských, účastinných podnikov. Týmto sa mali napraviť "krivdy" z medzivojnových rokov, keď národne slovenský kapitál vzhľadom na svoj chabý potenciál nestačil konkurovať silnému kapitálu českých krajín. Ako sa však ukázalo, národne slovenské banky ani po značnom zvýšení hospodárskych ukazovateľov neboli schopné ovládnuť kľúčové podniky Slovenska. Napríklad Tatra bankou vedený spoločný pokus prevziať od českej Živnobanky textilku v Ružomberku úplne stroskotal. Temnú stránku provládnych aktivít Tatra banky predstavovala účasť na protižidovských opatreniach. Všetky banky museli podľa príslušných arizačných zákonov odovzdať štátu židovské vklady, ktoré predstavovali roku 1940 sumu 350 miliónov korún. Tatra banka odviedla štátu minimálne 42 miliónov korún židovských úložiek. Odlev týchto vkladov banky značne poškodil. Tatra banka spolu s ostatnými peňažnými ústavmi sa nepriamo podieľala aj na financovaní ďalších foriem perzekúcie židovskej komunity, a to prostredníctvom niekoľkých veľkých pôžičiek slovenskému štátu, ktoré si politickým tlakom vynútila vláda. Z pôžičiek sa financovali protižidovské procesy, ako aj deportácie do vyhladzovacích táborov.
Prínosy vojnovej konjunktúry
Súdobé hospodársko-politické pomery mali pre Tatra banku okrem negatívnych faktorov aj hospodársky prínos, najmä v súvislosti s vojnovou konjunktúrou a vďaka podielu na koncentrácii peňažníctva. Banka po dlhých rokoch stagnácie rozvinula veľké transakcie, najmä financovanie veľkopriemyslu a zahraničného obchodu. V rokoch 1939 až 1944 zvýšila sumu aktív z 589 miliónov na 1,489 miliardy korún, čiže takmer trojnásobne. Veľké transakcie však znamenali predovšetkým pôžičky na financovanie obchodov s nacistickým Nemeckom, z ktorých plynuli obrovské straty. Vojnové straty sa tiahli s Tatra bankou až za horizont roku 1944, podobne ako s celým slovenským bankovníctvom a v skutočnosti neboli nikdy vyrovnané. Uvedené problémy už predstavovali súčasť novej kapitoly dejín slovenského bankovníctva po jeho znárodnení roku 1945. (Súčasná Tatra banka nemá okrem mena nič spoločné s aktivitami rovnomennej banky z prvej polovice 20. storočia.)