Súčasťou podmienok vstupu do EÚ je aj zavedenie európskeho systému ochrany prírody, ktorého právny rámec tvorí európska smernica o vtákoch a smernica o biotopoch. Obe sú už súčasťou nového zákona o ochrane prírody a krajiny, ktorý nadobudne účinnosť 1. januára 2003. Zákon umožní po vstupe SR do EÚ aj vybudovanie sústavy chránených území známych pod názvom NATURA 2000, ktorá vytvorí nové podmienky na ochranu našich vzácnych území. NATURA 2000 je to názov sústavy chránených území členských štátov EÚ, ktorej cieľom je zachovať prírodné dedičstvo významné pre EÚ ako celok a nielen pre príslušný členský štát. Už teraz však holandská vláda prostredníctvom svojho programu predvstupovej pomoci MATRA podporuje prípravu podkladov pre návrh území, ktoré by v SR mali byť súčasťou sústavy. O doterajších výsledkoch a ďalšom postupe programu diskutujú odvčera v Bratislave odborníci na medzinárodnej konferencii. Riaditeľ Štátnej ochrany prírody SR Martin Kassa uviedol, že územia, ktoré budú chránené v rámci sústavy NATURA 2000 budú s veľkou pravdepodobnosťou identické s už existujúcimi chránenými územiami v SR. Tie však boli stanovené podľa iných kritérií. "Snahou bude vybrať čo najreprezentatívnejšie lokality, nie rozširovať rozsah chránených území v SR," povedal Kassa. Riaditeľka odboru ochrany prírody a krajiny Ministerstva životného prostredia SR Anna Jusková zdôraznila, že vlastníci pozemkov v lokalitách zaradených do sústavy NATURA 2000 budú mať právo na kompenzácie vyplývajúce z hospodárskych činností na týchto parcelách. Zároveň budú mať tieto územia šancu získať podporu na agroenvironmentálne opatrenia z fondov Spoločnej poľnohospodárskej politiky EÚ.