V Českej republike už uzatvorili rokovanie o Národnom strategickom a referenčnom rámci, ktorý je najdôležitejším dokumentom na čerpanie z európskych fondov. Prostredníctvom tohto dokumentu v Česku v rokoch 2007 -- 2013 rozdelia ročne okolo 100 miliárd českých korún. Európska komisia by mala plán schváliť už v júni. Problémom pri rokovaniach bol Integrovaný operačný program a Operačný program Praha Konkurencieschopnosť. Pri týchto programoch muselo prísť k presunu finančných prostriedkov. Z programu Praha Konkurencieschopnosť sa museli presunúť financie do oblasti tzv. múdrej verejnej správy (smart administration).
Harmonogram prípravy na čerpanie z eurofondov
-- prvú verziu Národného strategického referenčného rámca predložila Česká republika Európskej komisii v polovici júla 2006
-- Európska komisia vrátila dokument na prepracovanie
-- 6. marca bol dokument poslaný v elektronickej podobe do informačného systému Európskej komisie
-- referenčný rámec opisuje 26 operačných programov, prostredníctvom ktorých sa rozdelí v Česku zo štrukturálnych fondov okolo 780 miliárd českých korún. Česká republika by mala z únie dostať 26,69 miliardy eur (približne 752,70 miliardy českých korún, z národných zdrojov musí pridať 132,83 miliardy na spolufinancovanie projektov, keďže únia financuje maximálne 85 % výdavkov.
Súbor opatrení
Ministerstvo pre miestny rozvoj schválilo súbor opatrení, ktoré by mali pomôcť úspešne čerpať európske zdroje. Jedným z krokov je zabezpečenie dostatočnej personálnej kapacity nielen na ministerstve, ale tiež na riadiacich orgánoch operačných programov. Už sa pripravujú školenia a vzdelávacie programy pre pracovníkov implementačných agentúr. Ministerstvo chce zlepšiť aj fungovanie monitorovacieho systému fondov tak, aby bol monitorovací systém súčasťou vyjednávania a nebránil úspešnému čerpaniu eurofondov.
Mala by vzniknúť hlavná internetová stránka, ktorá by obsahovala informácie o čerpaní finančných prostriedkov z európskych fondov.
Žiadateľovi o dotáciu hrozí, že sa jeho projekt bude prekrývať so zadaním dvoch alebo viacerých programov, a tak nesplní kritériá na priznanie príspevku.

Operačné programy
V období 2007 -- 2013 bude v Českej republike využívaných 26 operačných programov, ktoré sú rozdelené medzi tri ciele
Cieľ Konvergencia
Ide o podporu hospodárskeho a sociálneho rozvoja menej vyspelých regiónov. V Česku sem patria všetky regióny okrem Prahy. Cieľ sa bude realizovať ôsmimi tematickými operačnými programami a siedmimi regionálnymi operačnými programami. Na cieľ Konvergencia pripadne 25,89 miliardy eur (730 miliárd českých korún).
Regionálne operačné programy
ROP NUTS II Severozápad
ROP NUTS II Moravskosliezsko
ROP NUTS II Juhovýchod
ROP NUTS II Severovýchod
ROP NUTS II Stredná Morava
ROP NUTS II Juhozápad
ROP NUTS II Stredné Čechy
Tematické operačné programy
OP Doprava
OP Životné prostredie
OP Podnikanie a inovácia
OP Výskum a vývoj pre inovácie
OP Ľudské zdroje a zamestnanosť
OP Vzdelávanie pre konkurencieschopnosť
Integrovaný operačný program
OP Technická pomoc

Cieľ Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť
V Českej republike pod tento cieľ patrí Praha s dvoma operačnými programami. Na tento cieľ pripadne 0,42 miliardy eur (11,73 miliardy českých korún).
OP Praha Konkurencieschopnosť
OP Praha Adaptabilita

Cieľ Európska územná spolupráca
Týka sa podpory cezhraničnej, medziregionálnej a nadnárodnej spolupráce regiónov. Patria sem všetky regióny a podporu možno čerpať z deviatich operačných programov (0,39 miliardy eur)
OP Cezhraničná spolupráca ČR -- Bavorsko
OP Cezhraničná spolupráca ČR -- Poľsko
OP Cezhraničná spolupráca ČR -- Rakúsko
OP Cezhraničná spolupráca ČR -- Sasko
OP Cezhraničná spolupráca ČR -- Slovensko
OP Medziregionálna spolupráca (všetky štáty EÚ, Nórsko a Švajčiarsko)
OP Nadnárodná spolupráca (ČR, Rakúsko, Poľsko, časť Nemecka, Maďarsko, Slovinsko, Slovensko, časť Talianska a z nečlenských krajín časť Ukrajiny)
Sieťový operačný program ESPON 2013 (všetky členské štáty, Nórsko, Švajčiarsko, Lichtenštajnsko, Island, kandidátske štáty EÚ)
Sieťový operačný program INTERACT II (všetky členské štáty)