Do konca roku 2010 by všetky slovenské aglomerácie nad 10-tisíc obyvateľov mali mať napojenie na čistiareň odpadových vôd (ČOV) v súlade so smernicami Európskej komisie (EK). Splnenie technicky aj investične náročného cieľa je zatiaľ otázne, pretože Slovensko v tejto oblasti výrazne zaostáva za členskými štátmi EÚ. Momentálne je možnosť čistenia odpadových vôd prístupná len pre 50 % obyvateľstva a necelých 84 % občanov je pripojených na verejný vodovod. Celkové náklady spojené s úplnou implementáciou smernice EK o čistení mestských odpadových vôd predstavujú podľa odborných analýz asi 130 mld. Sk. Táto suma by sa mala preinvestovať do roku 2015 zo zdrojov štátneho rozpočtu a štrukturálnych fondov EÚ. Podľa generálneho riaditeľa vodohospodárskej sekcie Ministerstva pôdohospodárstva SR Dušana Palka je v súčasnosti v SR v rôznom štádiu rozostavanosti 29 rozhodujúcich stavieb ČOV a kanalizačných systémov. Na ich dokončenie treba minimálne 2,8 mld. Sk. Pre celú oblasť vodného hospodárstva je v tohtoročnom štátnom rozpočte vyčlenených len 600 mil. Sk. Z tohto hľadiska má pre slovenské samosprávy mimoriadny význam fond predvstupovej pomoci ISPA. V súvislosti s implementáciou smerníc EK pripravuje rezort pôdohospodárstva zoznam mestských a obecných aglomerácií, v ktorých má byť vybudovaná ČOV a kanalizácia. Návrh budú môcť pripomienkovať aj samotné samosprávy, občania a ďalšie zainteresované subjekty. Problematikou sa zaoberá tiež návrh zákona o vodách, ktorým sa budú poslanci NR SR zaoberať v rámci schvaľovania balíka eurolegislatívy.