Od nástupu komunistického režimu sa snažil štát podriadiť si pôsobenie cirkví alebo ich celkom eliminovať. Významnú rolu v tomto procese zohrali dva zákony – zákon o zriadení Štátneho úradu pre veci cirkevné a tiež zákon o hospodárskom zabezpečení cirkví a náboženských spoločností.
Obe právne normy prijal československý parlament 14. októbra 1949.
Zámer mať vplyv na katolícku cirkev a tiež na ostatné cirkvi a náboženstvá vyjadril už v júni roku 1948 Klement Gottwald slovami: „Preč od Ríma a smerom k národnej cirkvi. Je nutné cirkev neutralizovať a dostať ju do svojich rúk tak, aby slúžila režimu.“
V tom čase sa začalo aj individuálne prenasledovanie predstaviteľov katolíckej cirkvi. Komunistická moc postupne likvidovala kresťanské spolky a tlač. Delegácia predstaviteľov katolíckej cirkvi navštívila v novembri 1948 pápeža Pia XII., ktorý však vyslovil názor, že sa treba pripraviť na život v totalitnom zriadení, pretože jeho koniec bol v nedohľadne.
Napokon 14. októbra 1949 parlament prijal zákony, ktoré sa stali oporou pre potláčanie a prenasledovanie cirkvi. Zákon č. 217/1949 Zb. zriadil Štátny úrad pre cirkevné veci, na čele ktorého stál neskorší minister obrany Alexej Čepička. Jeho pobočku, Slovenský úrad pre veci cirkevné, viedol Gustáv Husák.
Zákonom č. 218/1949 Zb. o hospodárskom zabezpečení cirkví a náboženských spoločností sa štát zaviazal poskytovať duchovným všetkých uznaných cirkví a náboženských spoločností osobné pôžitky, teda plat, hodnostný prídavok a odmenu. Stanovil však ako podmienku štátny súhlas. Ten mohli dostať iba duchovní s československým štátnym občianstvom s priznanou štátnou spoľahlivosťou a bezúhonnosťou.
Ako uviedol český právnik a kňaz Jiří Rajmund Tretera, zákony prešli podľa očakávania bez problémov, hoci sa pri hlasovaní v parlamente udialo procedurálne pochybenie. Predsedajúca schôdze, poslankyňa Anežka Hodinová-Spurná, na záver rokovania vyhlásila: „Kto súhlasí s návrhom zákona v znení správy z výborov, nech zdvihne ruku!“ Po chvíli usúdila: „To je väčšina.“ Nespýtala sa, či je niekto z poslancov proti alebo sa zdržal hlasovania.
Neskôr nasledovalo otvorené prenasledovanie cirkvi v podobe zatvorenia kláštorov – Akcia K znamenala zatvorenie mužských kláštorov, po jej ukončení sa v rámci Akcie Ř rušili ženské kláštory. Gréckokatolícka cirkev bola nútene včlenená do pravoslávnej.
Mnohí kňazi boli väznení – napríklad spišský biskup Štefan Barnáš, gréckokatolícky biskup Pavel Peter Gojdič, spišský biskup Ján Vojtaššák, gréckokatolícky biskup Vasiľ Hopko či trnavský biskup Michal Buzalka. Lekár Silvester Krčméry bol väznený v rokoch 1951 - 1964 (podieľal sa na organizovaní Sviečkovej demonštrácie v marci 1988, zomrel v roku 2013).
„Prijatie cirkevných zákonov malo zásadný význam pre náboženský život v Československu. Štátu sa podarilo vniknúť do štruktúry cirkvi, úplne ovládnuť jej hospodársky život a zásadne vplývať na riešenie jej personálnych otázok,“ uviedla na svojej webstránke Konferencia biskupov Slovenska.