Aj pri zrážkovej dani musí daňovník dodržiavať termíny odvodu dane. Najčastejšie chyby pri zrážaní dane sa pritom robia predovšetkým v kontakte so zahraničím.
Zrážku dane je povinný vykonať platiteľ dane pri výplate, poukázaní alebo pri podpísaní úhrady v prospech daňovníka. Platiteľ musí zrazenú daň odviesť správcovi dane najneskôr do 15. dňa každého mesiaca za predchádzajúci kalendárny mesiac. Rovnako to musí platiteľ dane súčasne oznámiť správcovi dane, ak správca dane na žiadosť platiteľa dane neurčí inak. Pri podávaní štvrťročného prehľadu o zrazených preddavkoch na daň teda zamestnávateľ musí uviesť aj daň vyberanú zrážkou zamestnancom, ktorých príjem nepresiahol sumu 5 000 korún (ekvivalent 165,97 eura) a ktorí nemali podpísané vyhlásenie na zdanenie príjmov.
Prehľad podáva daňovník miestne príslušnému správcovi dane do konca kalendárneho mesiaca nasledujúceho po uplynutí kalendárneho štvrťroka na tlačive predpísanom ministerstvom financií. Ak platiteľ dane nevykoná zrážku dane alebo zrazenú daň včas neodvedie, bude sa od neho vymáhať rovnako ako ním nezaplatená daň. Podobne sa postupuje, ak platiteľ dane nezrazí daň v správnej výške.
Najčastejšie chyby pri uplatňovaní zrážkovej dane vznikajú podľa daňového poradcu Dušana Dobšoviča v prípade príjmov daňovníkov s obmedzenou daňovou povinnosťou, teda v rámci vzťahov so zahraničím. Spravovanie dane u zahraničných daňovníkov s obmedzenou daňovou povinnosťou je pre štát, v ktorom majú tieto subjekty zdroj svojich príjmov, veľmi komplikované, najmä čo sa týka vyberania dane a kontroly správnosti výpočtu daňovej povinnosti. Vyplýva to predovšetkým z toho, že tieto subjekty sa vôbec nemusia zdržiavať na území štátu, v ktorom svoje príjmy dosahujú. Vyžadovať od nich, aby podávali daňové priznanie, respektíve predpokladať, že daňové úrady tohto štátu by mohli u nich vykonávať bežnú daňovú kontrolu, je veľmi ťažko vykonateľné tak z objektívnych dôvodov, ako aj z dôvodov vedomého neplnenia daňových povinností. "Tuzemský platiteľ dane (vrátane stálych prevádzkarní zahraničných osôb umiestnených na území SR) je preto povinný daňovníkom so sídlom alebo bydliskom v zahraničí zraziť daň. Pritom je potrebné prioritne postupovať v súlade s medzinárodnými zmluvami o zamedzení dvojitého zdanenia, ktoré má SR uzavreté s príslušnými štátmi a v súlade s touto zmluvou správne posúdiť druh príjmu a spôsob zdanenia," vysvetľuje Dobšovič. Pri nesprávnom posúdení totiž môže byť tuzemským objednávateľom služby, ktorý vypláca platbu zahraničnej osobe, zbytočne zrazená daň v Slovenskej republike, respektíve sa môže stať, že neodvedie daň na Slovensku a táto bude od neho vymáhaná.