-- Meno Jána Sokola figuruje aj v evidencii bývalej ŠtB -- ako kandidáta tajnej spolupráce, v roku 1989 bol preevidovaný na agenta. Sokol vylúčil akúkoľvek vedomú spoluprácu s ŠtB. Jeho spis bol v minulosti skartovaný.
-- Ústav pamäti národa zverejnil archívny komunistický dokument, ktorý sa týka pamätnej sviečkovej demonštrácie z 25. marca 1988. Podľa neho niektorí cirkevní predstavitelia -- medzi nimi aj Ján Sokol -- demonštráciu odsúdili. Sokol však tvrdí, že sa od tejto akcie nedištancoval. Sviečkovú demonštráciu označil "za veľmi užitočnú akciu".
-- Cirkev sa súdila s novinárom Martinom Kleinom pre jeho článok s názvom Sedí sokol na javori, Larry Flynt a sedem faciek pokrytcovi. Žalujúca strana napadla novinárove slová na adresu Jána Sokola: "Tento primas prvej kresťanskej cirkvi nemá v sebe ani toľko cti ako primáš poslednej cigánskej kapely v sláku! Vôbec nechápem, prečo slušní kresťania nevystúpia z organizácie, na čele ktorej je taká obluda." Slovenské súdy rozhodli, že Klein sa dopustil trestného činu hanobenia národa, rasy a presvedčenia. Novinár sa však obrátil na Európsky súd pre ľudské práva v Štrasburgu -- a ten mu dal v spore so SR za pravdu.
-- v roku 2002 v letáku nazvanom Modlitba pred voľbami odporučil veriacim, koho nemajú voliť. "My, Vaši pastieri, nebudeme voliť tú stranu a jej vodcov, ktorí nám z billboardov ukazujú holé zadky. Nebudeme voliť ani tú stranu, ktorej vodca cez svoju televíziu znemravňuje náš národ a jej najsilnejšiu vrstvu - mládež." Veriaci nemali voliť ani strany, ktorých lídri sú neveriaci, liberáli a bývalí komunisti.