Studená sprcha pre Jozefa Majského prišla v októbri 2002, keď ho polícia obvinila zo založenia, zosnovania a podporovania zločineckej a teroristickej skupiny a z podvodu. Mal prísť na výsluch. Neprišiel a policajti ho zadržali na hraničnom priechode Berg pri pokuse vycestovať do Rakúska. Dostal sa do väzby, ktorá mu bola niekoľkokrát predĺžená. Dostal sa aj do väzenskej nemocnice -- pri výsluchu vyšetrovateľovi tvrdil, že je pod vplyvom liekov, je mu zle a nie je schopný vypovedať. Majský výrazne schudol a v nemocnici mali podozrenie, že neje, aj keď odovzdával prázdny tanier. Fajčil jednu cigaretu od druhej. V roku 2003 sa opakovane dostal na krátky čas na slobodu, aby sa zakrátko opäť pozeral na svet spoza mreží.
Vo väzbe Majský neraz poukazoval na zhoršovanie svojho zdravotného stavu. Znalec mal posúdiť, či sú jeho problémy so srdcom také, že sa nemôže zúčastňovať na pojednávaní. Keby ich potvrdil, súd by musel prerušiť trestné stíhanie, až kým by sa Majský nevyliečil.
V roku 2004 ho z väzby prepustili po rozhodnutí generálneho prokurátora Dobroslava Trnku.
O dva roky neskôr musel Špeciálny súd kvôli práceneschopnosti Majského pojednávanie odročiť na neurčito. Senát mu zároveň nariadil poriadkovú pokutu 50-tisíc korún, pretože sa žiadnym relevantným spôsobom neospravedlnil z pojednávania. Majský je od začiatku decembra 2006 vo väzbe. Rozhodol o nej Špeciálny súd, lebo sa nezdržiaval na adrese, ktorú pôvodne nahlásil, a nemohol mu tak doručiť poštu.