Vo februári 1997 parlament rozhodol o referende, kde ľudia mali odpovedať na tri otázky: 1. Ste za vstup Slovenska do NATO? 2. Ste za rozmiestnenie jadrových zbraní na území SR? 3. Ste za rozmiestnenie vojenských základní na území SR? Právo vyhlásiť referendum patrilo prezidentovi. Ten v nadväznosti na petičnú akciu občanov štvrtú otázku: Súhlasíte, aby prezidenta volili občania, podľa priloženého návrhu ústavného zákona priamo? Pôvodne malo byť o tejto otázke samostatné referendum -- o probléme musel rozhodnúť Ústavný súd. Ten vyhlásil, že ústava nezakazuje, aby bola 4. otázka predmetom referenda. Aj keď príloha tejto otázky je v rozpore so zákonom, to neznamená, že referendum sa v takomto znení aj so štyrmi otázkami nemohlo konať.
Minister vnútra Gustáv Krajči napriek tomu rozhodol, ministerstvo obciam doručí len otázky s bezpečnostnou tematikou. Ústredná volebná komisia sa po referende uzniesla, že právoplatné hlasovacie lístky so štyrmi otázkami neboli občanom doručené, čím bolo referendum zmarené. Referendum by aj tak nebolo neplatné -- zúčastnilo sa na ňom necelých desať percent voličov.
Poslanec Ivan Šimko sa obrátil na Ústavný súd. Ten rozhodol, že ministerstvo vnútra svojím postupom a konaním porušilo Šimkove ústavné právo zúčastniť sa na referende. Podľa súdu totiž ministerstvo nebolo oprávnené zmeniť obsah (teda ani otázky) referenda vyhláseného prezidentom. Potrestaný však nebol nikto. Keď v roku 1998 vláda preniesla časť prezidentských kompetencií na Vladimíra Mečiara, ten v súvislosti s prípravou a vykonaním referenda vyhlásil amnestiu.