Štefan Harabin mal problém so Špeciálnym súdom, ktorý má v náplni práce megakauzy politikov, mafie a korupčné aféry, už od jeho vzniku. Nikoho preto neprekvapilo, keď krátko po príchode do rezortu začal hovoriť o jeho možnom zrušení. Paragrafové znenie mal pripravené už v auguste, o mesiac neskôr prišiel s návrhom na vládu. "Jeho existencia nie je v súlade s Ústavou SR." Zdôrazňoval, že najzávažnejšie prípady nájomných vrážd a organizovaného zločinu zostali pred bránami Špeciálneho súdu. Tŕňom v oku boli pre Harabina aj platy špeciálnych sudcov. "Diskriminujú ostatných sudcov a prokurátorov, čo považujeme za veľmi rafinovanú štátnu korupciu prostredníctvom výkonnej moci." Boj o Špeciálny súd sa odohrával najmä medzi ministrom Harabinom a exministrom Danielom Lipšicom (KDH). Posledné slovo mal však napokon premiér Robert Fico, ktorý v januári vyhlásil, že koalícia sa definitívne dohodla na jeho zachovaní. Napriek tomu sa Harabin ešte vždy nevzdal. Štátna tajomníčka rezortu Anna Vitteková v apríli pre HN pripustila, že sa na ministerstve uvažuje aj o podaní na Ústavný súd. Lipšic predpokladá, že za Harabinovou snahou o zrušenie súdu je asi politické zadanie od jeho strany. "Nemám to preukázané, ale mám dôvody, prečo sa domnievať, že táto strana chce zrušiť tieto inštitúcie." Lipšic zdôraznil, že Špeciálny súd a prokuratúra stíhajú vysoko postavených činiteľov bez ohľadu na stranícke tričko. "Súd zatiaľ rozhodoval vždy nestranne, hoci boli obvinení ľudia z takmer všetkých politických strán."