Nedostatky zistila vnútorná kontrola fondu po nástupe nového riaditeľa Miroslava Žufu. Podľa neho boli nedostatky také veľké, že nebolo možné vykonať audit za rok 2006. Fond preto v súčasnosti účtovníctvo rekonštruuje.
Vzhľadom na prebiehajúcu kontrolu vyplácanie grantov na projekty v druhom polroku roku 2007 dočasne pozastavili. Zo schválených 45 miliónov na podporu protidrogových aktivít v tomto roku polovicu vyplatili v prvom polroku, v týchto dňoch fond začne vyplácať prvých sedem miliónov na projekty z druhého polroku 2007. Ako povedal Čaplovič, fond podporí najmä projekty, ktoré realizujú aktivity práve v tomto období. Zvyšných 15,5 milióna by fond mohol v prípade dohody s Úradom vlády odblokovať v septembri roku 2007.