Odpočúvanie denníka SME
Polícia našla vo svojom systéme v decembri 2002 nevyžiadaný odpočutý rozhovor Pavla Ruska s novinárom denníka SME. Vládne strany ANO a KDH sa začali sporiť, či ich odpočúvala polícia alebo SIS, čo malo za následok, že vypukla koaličná kríza. V marci 2003 rezignoval šéf SIS Vladimír Mitro, hoci vylúčil, že by Ruska odpočúvala tajná služba. Podozrenie však smerovalo na trojicu príslušníkov SIS. V januári 2007 súd rozhodol, že trojica príslušníkov je nevinná. Nebol totiž dostatok takých dôkazov, podľa ktorých by súd mohol rozhodnúť inak.

Strata nahrávok v kauze Bielik
Úplatkársku aféru bývalého račianskeho starostu Pavla Bielika (KDH) sprevádzala aj strata dôležitých dôkazov. V marci 2004 sa stratilo sedem nahrávok telefonických rozhovorov, ktoré boli v Bielikovom korupčnom škandále kľúčové. Stratu mali spôsobiť technické nedostatky v archivačnom systéme rezortu vnútra, ktorému v tom čase šéfoval Bielikov stranícky kolega Vladimír Palko. Minister Palko vtedy podozrivých policajtov odvolal. Trojica policajtov bola v tejto súvislosti aj obvinená -- súd ich neskôr oslobodil s odôvodnením, že trestný čin sa nestal.

Údajné odpočúvanie politických strán
Líder ĽS-HZDS Vladimír Mečiar sa na jeseň 2006 už ako jeden z koaličných partnerov obrátil na generálneho prokurátora, aby prešetril údajné odpočúvanie centrál politických strán. O takýchto podozreniach mal poslancov na parlamentnom výbore na kontrolu SIS informovať šéf tajnej služby Jozef Magala. O Mečiarových krokoch ako prvý informoval denník HN. Vojenská prokuratúra však neskôr zastavila preverovanie trestného oznámenia lídra HZDS so skonštatovaním, že k žiadnemu trestnému činu nedošlo. Samotný iniciátor Mečiar nepodal proti záveru vyšetrovania sťažnosť.