V roku 2002 bol zvolaný za poslanca NR SR za ANO. Vo vláde SDKÚ, SMK, KDH a ANO dostal miesto ministra hospodárstva. V roku 2003 kvôli vnútrostraníckym problémom v rámci ANO podal demisiu. Odišiel z postu po tom, ako mu ANO vyslovila nedôveru kvôli údajne poškodzujúcim výrokom v médiách. Nemcsics otvorene kritizoval politiku Pavla Ruska. Následne vystúpil zo strany a v parlamente pôsobil ako nezávislý poslanec. Od roku 2007 je predsedom ANO.