V roku 1991 bol splnomocnencom vlády pre automobilový priemysel. Od roku 1998 bol poslancom NR SR, najskôr za SOP, potom za ANO. V roku 2005 koaličné strany vylúčili ANO z koalície (po kauze zmenky lídra ANO Pavla Ruska), strana sa názorovo rozštiepila a Malchárka z nej spolu s ďalšími vylúčili. Prezident ho vymenoval za podpredsedu vlády a ministra hospodárstva. V roku 2006 zakladal novú liberálnu stranu Nádej.