Ministerstvo školstva nevyhovelo protestu Generálnej prokuratúry a odporúča vláde, aby ho zamietla. Prokuratúra 3. augusta napadla kritériá komplexnej akreditácie vysokých škôl, upozornila na pravdepodobne nezákonný postup ministerstva.

Kritizuje hlavne retroaktivitu akreditačných kritérií, ktoré boli účinné od januára 2008 -- no pritom sa podľa nich hodnotí výkon vysokej školy v rokoch 2002 až 2007. Podľa zákona mali byť kritériá školám známe šesť rokov predtým.

V súvislosti s retroaktivitou argumentuje rezort na čele s Jánom Mikolajom prechodnými ustanoveniami, ktoré sú účinné od 1. septembra 2007. Zákon nariaďuje začlenenie vysokých škôl do 1. septembra 2009 podľa kritérií platných menej ako dva roky. "Tým nemohli byť kritériá vopred dané a sám zákonodarca umožnil, že s kritériami sa vysoké školy mohli oboznámiť neskôr, ako je hodnotené obdobie," tvrdí ministerstvo. Vysoké školy vraj boli s dĺžkou šesťročného hodnoteného obdobia oboznámené aj pred vydaním napádaného rozhodnutia.

Prokuratúra namietala aj voči rozdeleniu vysokých škôl do troch kategórií na univerzity, vysoké školy bez začlenenia a odborné vysoké školy, pretože platná legislatíva umožňuje len delenie na univerzitné a odborné vysoké školy. Podľa vysokoškolského zákona môžu byť školy začlenené ako univerzitné alebo ako odborné vysoké školy. Práve formuláciou "môžu byť" operuje ministerstvo. Podľa neho tieto slová predpokladajú, že vysokoškolská ustanovizeň nemusí byť začlenená.