Pred parlamentnými voľbami v roku 1998 sa päť politických strán spojilo a vytvorili Slovenskú demokratickú koalíciu (SDK) s tým, že po voľbách sa politici vrátia do svojich domovských strán. Práve SDK mala šancu poraziť vládu Vladimíra Mečiara. Do strany patrili do nej Kresťanskodemokratické hnutie (sem patril Mikuláš Dzurinda), Demokratická strana (Ivan Mikloš), Demokratická únia (Eduard Kukan), Sociálnodemokratická strana Slovenska a Strana zelených Slovenska. Jej šéfom sa stal Mikuláš Dzurinda.
Viacerí politici sa však postavili za myšlienku zlúčenia zakladajúcich strán, preto z SDK nevystúpili. Medzi nimi bol aj Mikuláš Dzurinda. Keď sa to nepodarilo Založil v januári 2000 Slovenskú demokratickú a kresťanskú úniu, ktorej sa stal predsedom.
V júni 2000 sa s SDKÚ zlúčila Únia živnostníkov, podnikateľov a roľníkov, ktorej predsedom bol Pavol Prokopovič, v júli 2000 sa súčasťou SDKÚ stala Demokratická únia Slovenska s jej lídrom Ľubomírom Harachom.
Prečítajte si aj: Sledujeme online: Historický krok. Dzurinda a Mikloš končia v SDKÚ
Prípravný výbor SDKÚ odmietol 13. novembra 2000 žiadosť šiestich členov (Juraj Dobiš, Andrej Finďo, Luboš Pastor, Ľubomír Plai, Eva Rusnáková a Milan Vaškor) o schválenie štatútu Liberálnej platformy SDKÚ.
Ustanovujúci kongres únie sa uskutočnil 17. a 18. novembra 2000 v Bratislave. Jeho delegáti si za predsedu zvolili Mikuláša Dzurindu, generálnym sekretárom sa stal Ivan Šimko a podpredsedami Eduard Kukan, Juraj Kopčák, Ľubomír Harach, Zuzana Martináková a Milan Kňažko.
V parlamentných voľbách v roku 2002 získala SDKÚ 15,9 percenta hlasov a 28 mandátov v Národnej rade SR. Predseda strany Mikuláš Dzurinda podpísal 8. októbra 2002 za SDKÚ koaličnú dohodu o zostavení vlády na roky 2002-2006 s lídrami SMK, KDH a ANO. Práve táto koalícia presadila zásadné ekonomické reformy. Slovensku sa podarilo budovať meno aj v zahraničí, vstúpili sme do Európskej únie a do NATO.
V apríli 2003 sa SDKÚ stala členom Kresťanskodemokratickej internacionály (CDI), od 1. mája 2004 členom Európskej ľudovej strany. Predsedu strany Mikuláša Dzurindu zvolili 12. februára 2004 za viceprezidenta CDI.
Ivan Šimko ohlásil 16. novembra 2003 vznik politickej platformy v rámci SDKÚ s názvom Slobodné fórum SDKÚ. K platforme, ktorá mala pôvodne pôsobiť ako vnútorná opozícia SDKÚ, sa vtedy pripojili aj ďalší poslanci tejto strany - Zuzana Martináková, Zuzana Plháková, Tibor Tóth, Ľubica Navrátilová, Peter Bódy, Jozef Hurban a Alexej Ivanko. Po rozpore s Dzurindom a kauze "skupinka" založili s výnimkou Tótha v marci 2004 politickú stranu s názvom Slobodné fórum. Zuzana Plháková kandidujúca za SDKÚ sa stala nezávislou poslankyňou NR SR.
Vo Zvolene sa 21. januára 2006 zišiel mimoriadny kongres SDKÚ, ktorý rozhodol o zlúčení strany s Demokratickou stranou. Nový politický subjekt dostal názov SDKÚ-DS. Na mimoriadnom kongrese SDKÚ o zlúčení jednohlasne rozhodlo 176 prítomných delegátov. Pôvodne sa mala viesť aj diskusia o plánoch strany vo volebnom roku 2006. Vzhľadom na letecké nešťastie, pri ktorom na území Maďarska zahynuli slovenskí vojaci, však program upravili a celý kongres trval iba asi 40 minút.
V parlamentných voľbách 2006 získala SDKÚ-DS 18,35 percenta hlasov a 31 mandátov v Národnej rade SR. Stala sa druhou najúspešnejšou stranou vo voľbách a odišla do opozície.
Dňa 19. februára 2008 otvoril podpredseda SDKÚ-DS Juraj Liška diskusiu, ktorá sa mala zamerať na generačnú výmenu vo vedení a vyzval predsedu SDKÚ-DS Mikuláša Dzurindu, aby odstúpil. Liškovu požiadavku vedenie strany ani radoví členovia nepodporili.
Podpredsedníčka SDKÚ-DS Iveta Radičová sa stala spoločnou kandidátkou opozície na funkciu prezidenta SR v prezidentských voľbách v marci 2009. Opozičná kandidátka získala v prvom kole 38,05 percenta hlasov a postúpila do druhého kola. V druhom kole však zvíťazil Ivan Gašparovič s 55,53 percenta oproti 44,46 percenta hlasov pre Radičovú.
Vo voľbách do slovenského parlamentu 12. júna 2010 získala SDKÚ-DS 15,42 percenta hlasov a 28 poslaneckých kresiel. Vytvorila vládu spoločne so SaS, KDH a stranou Most-Híd. Oficiálnym kandidátom SDKÚ-DS na post predsedu vlády bola od 15. júna 2010 volebná líderka Iveta Radičová. V novej vláde SDKÚ-DS obsadilo nielen premiérske kreslo, ale Ivan Mikloš riadil ministerstvo financií, Mikuláš Dzurinda rezort zahraničných vecí, Eugen Jurzyca školstvo a Lucia Žitňanská rezort spravodlivosti.
Premiérka SR Iveta Radičová pred poslaneckým klubom SDKÚ-DS, aj pred prezídiom strany ponúkla 10. októbra 2011 svoju demisiu v prípade, že sa nepodarí dosiahnuť dohodu o eurovale. Hlasovanie o rozšírení eurovalu na pôde Národnej rady SR sa spojí s hlasovaním o dôvere vláde. Po rokovaní s predsedami koaličných strán to 11. októbra 2011 oznámila premiérka Iveta Radičová (SDKÚ-DS). Vláda Ivety Radičovej (SDKÚ-DS) napokon padla. Poslanci Národnej rady SR totiž neschválili rozšírenie dočasného eurovalu a kabinetu tak nevyslovili dôveru. Za záchranný mechanizmus zahlasovalo len 55 poslancov, potrebných bolo minimálne 76 hlasov.
Prezident SR Ivan Gašparovič podpísal 17. októbra 2011 zákon o skrátení volebného obdobia, podľa ktorého sa predčasné parlamentné voľby konali 10. marca 2012. SDKÚ-DS v nich získala 6,09 percenta hlasov voličov - 11 kresiel v NR SR.
Mikuláš Dzurinda sa na straníckom kongrese neuchádzal o post predsedu SDKÚ-DS. Oznámil to 12. marca 2012 po rokovaní straníckeho Prezídia s tým, že dôvodom bol nepriaznivý volebný výsledok jeho politického subjektu.
Novým šéfom SDKÚ-DS sa po straníckom kongrese 19. mája 2012 vo Zvolene stal Pavol Frešo.
Stranu opustili 12. decembra 2013 predsedníčka poslaneckého klubu SDKÚ-DS Lucia Žitňanská a poslanci Národnej rady SR Miroslav Beblavý a Magdaléna Vášáryová.
4. 6. 2014 ohlásili svoj odchod z SDKÚ-DS Mikuláš Dzurinda a Ivan Mikloš. Ich odchodom v parlamente zaniká poslanecký klub.