Zrušenie okresných úradov integrovanej miestnej správy a posilnenie rozhodovacích právomocí samosprávy si v budúcom roku vyžiada zmenu správneho súdnictva. V súčasnosti o opravných prostriedkoch voči aktom obcí či VÚC rozhodujú krajské a okresné úrady. Podľa návrhu optimalizácie súdnej organizácie, ktorú pripravilo ministerstvo spravodlivosti (MS), však všetky odvolania voči uzneseniam súdov a rozhodnutiam orgánov správy budú vybavovať všeobecné súdy vyššieho stupňa, terajšie krajské súdy a mimoriadne dovolania bude riešiť Najvyšší súd SR. Vo veciach samosprávnej pôsobnosti obcí, do ktorej už v súčasnosti patria aj opatrenia v oblasti preneseného výkonu štátnej správy, rozhoduje podľa zákonov o obecnom zriadení a samospráve VÚC súd. Zákon však občanom umožňuje obrátiť sa na súd aj v prípade nečinnosti starostu. Harmonogram ďalšej decentralizácie verejnej správy na roky 2003 až 2006 predpokladá, že by sa v súvislosti s jej reformou malo novelizovať ešte asi 102 zákonov. Medzi nimi bude aj občiansky súdny poriadok, ktorý by mal vyriešiť správnu príslušnosť miestnych aj regionálnych samospráv k jednotlivým súdom. Reforma miestnej štátnej správy by mala podľa splnomocnenca vlády pre decentralizáciu Viktor Nižňanský vytvoriť funkciu vládou vymenovaného prednostu kraja. V jeho právomoci by malo byť okrem iného aj pozastavenie výkonu rozhodnutia orgánu verejnej správy, ak usúdi, že je nezákonné. Následne by o veci rozhodoval s konečnou platnosťou správny súd. MS by malo stanoviť, či bude správne súdnictvo organizované samostatne, alebo či sa pri všeobecných súdoch vytvoria len špecializované senáty na konanie o správnych sporoch.