Pri vyšetrovaní trestných činov, ktoré sú páchané vo viacerých krajinách, môže dôjsť k neistote, kto má vec vyšetrovať a akým spôsobom majú štáty spolupracovať. Vtedy prichádza na rad jednotka Európskej únie pre justičnú spoluprácu, Eurojust. Jej úlohou je zlepšiť spoluprácu krajín v riešení medzinárodného organizovaného zločinu a zabezpečiť, aby boli páchatelia stíhaní rýchlo a efektívne.

Eurojust bol založený v roku 2002 a sídli v holandskom Haagu. Jedným z popudov na jeho založenie boli aj teroristické útoky na americké dvojičky. V roku 2008 boli jeho kompetencie rozšírené a posilnené. Dnes medzi jeho priority patrí boj proti obchodovaniu s ľuďmi, kybernetickému zločinu a ilegálnej imigrácii či zastavenie organizovaného zločinu a pašovania drog zo západného Balkánu a západnej Afriky.

Na napĺňanie svojich cieľov využíva Eurojust rôzne manažérske nástroje. Napríklad môže rozhodnúť, ktorá krajina je najvhodnejšia na vyšetrovanie prípadu, alebo vytvoriť medzinárodný vyšetrovací tím. Tiež organizuje vydávanie európskych zatykačov alebo príkazov na konfiškáciu, prípadne zmrazenie majetku. V súčasnosti rieši takmer dvetisíc prípadov a organizuje približne dvesto koordinačných stretnutí a desať koordinačných centier, na ktorých sa stretávajú prokurátori, sudcovia a policajti so svojimi zahraničnými kolegami.

Pri činnosti mu pomáhajú príbuzné orgány, medzi ktoré patrí Európska justičná sieť a Európsky policajný úrad. Každý členský štát má v Eurojuste národného zástupcu, ktorý pomáha riadiť fungovanie inštitúcie. Slovenským je Ladislav Hamran, prokurátor a špecialista na vymáhanie majetku a konfiškácie, ktorý bol v roku 2013 zvolený za viceprezidenta. Pracuje pod vedením prezidentky Michele Coninsxová z Belgicka. Eurojust môže asistovať aj spolupráci s nečlenským štátom, dohody má uzatvorené s Nórskom, Islandom, USA, Chorvátskom, Švajčiarskom a Macedónskom, ale kontakty má po celom svete.