Už v roku 1951 pri vzniku Európskeho spoločenstva uhlia a ocele vyvstala otázka, ako sa bude chod Spoločenstva financovať z vlastných zdrojov. V roku 1957 vzniklo Európske hospodárske spoločenstvo, ktoré malo za cieľ ekonomickú integráciu krajín EÚ, a v tom istom roku sa vytvoril aj jednotný rozpočet pre členské krajiny. PredZuzana Matuščákováchodca EÚ mal v začiatkoch svojho fungovania tri rozpočty: jednotný rozpočet Spoločenstva a v roku 1957 pribudli administratívny rozpočet a rozpočet pre výskum a investície, ktoré boli rozpočtami Európskeho spoločenstva pre atómovú energiu. Rozpočty boli financované z príspevkov šiestich členských štátov. Prvý rozpočet Európskeho hospodárskeho spoločenstva v roku 1958 tvoril takmer 518 miliónov belgických frankov.

V roku 1965 sa tieto spoločenstvá spojili a o päť rokov neskôr vznikol všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev, okrem ktorého však do roku 2002 existoval aj prevádzkový rozpočet Európskeho spoločenstva uhlia a ocele. Ten sa postupne zväčšoval, ako sa pridávali jednotlivé krajiny. Rozpočet pre poľnohospodárstvo vtedy tvoril 70 percent celkového rozpočtu EÚ, čo spôsobilo vážne problémy hlavne po vstupe Veľkej Británie v roku 1973. Krajina mala v tom čase veľmi malý agrárny sektor, kvôli čomu adekvátne neprofitovala, a keďže prispievala relatívne veľkou časťou do rozpočtu Spoločenstva, začala sa voči tomuto búriť. To spôsobilo veľké politické problémy a dokonca viedlo k referendu o tom, či má Spojené kráľovstvo zotrvať v EÚ.

Vtedajšia premiérka Veľkej Británie, Margaret Thatcherová, nakoniec pre krajinu vydobyla tzv. britský rabat, čo je rozpočtovo-politické špeciálne ustanovenie pre Veľkú Britániu a Severné Írsko, kde krajina dostáva späť dve tretiny svojich čistých platieb do Európskej únie. V súčasnosti sa na inovačné poľnohospodárstvo, bezpečnosť potravín a udržateľné využívanie pôdy a lesov vynakladá len niečo okolo 40 percent rozpočtu EÚ.