V súčasnosti existujú tri vlastné zdroje rozpočtu Európskej únie. Sú nimi colné poplatky, daň z harmonizovaného vymeriavacieho základu dane z pridanej hodnoty a daň z hrubého národného dôchodku. Ide o príjmy, ktoré sa získavajú v rámci politík Únie. Nejde teda iba o dopredu vypočítané vnútroštátne príspevky. Patria sem aj dane z príjmov zamestnancov Únie, príspevky na rôzne programy od krajín, ktoré nepatria do EÚ alebo pokuty udeľované tým, ktorí porušujú európske právo. Prechod od príspevkov členských štátov k samostatným vlastným zdrojom sa udial v roku 1970, a tým sa Európska únia začala odlišovať od iných spoločenstiev, ktoré sú financované iba príspevkami členským štátov.

V posledných rokoch sa začínajú ozývať hlasy hovoriace o reforme rozpočtu Európskej únie, najmä z lavíc Parlamentu a Komisie. Kritika sa zameriava hlavne na fakt, že rozpočet tvoria vo väčšej miere príspevky štátov vo forme harmonizovaného základu dane z pridanej hodnoty a podiel hrubého národného dôchodku. Tie tvoria až tri štvrtiny rozpočtu EÚ, a preto je potrebné nájsť nové zdroje, aby rozpočet Európskej únie nebol v takej veľkej miere závislý od ochoty štátov platiť. Dokonca bola vytvorená skupina na vysokej úrovni o vlastných zdrojoch, ktorej predsedá Mario Monti. Tá má preskúmať možnosti nových vlastných zdrojov a navrhnúť reformu v tejto oblasti. EÚ by takto chceli znížiť prevahu národných rozhodnutí na rozpočet. Brexit môže mať na túto reformu pozitívny dosah najmä z hľadiska britského rabatu. Ním krajina nemusí prispievať do rozpočtu tak ako by mala, čo spôsobilo aj veľa rôznych úľav pre ďalšie krajiny. To všetko zhoršilo tvorbu rozpočtu EÚ, a aj preto sa snaží Montiho skupina nájsť nové zdroje, aby sa nemuselo prihliadať na rozhodnutia iných a vďaka ktorým by nebolo možné udeľovať privilégiá.