Vo väčšine krajín, ktoré dostali v novembri v Prahe pozvánku do NATO, sa uskutoční referendum o vstupe do aliancie. Prvé bude Slovinsko, ktoré spojí hlasovanie o vstupe do Severoatlantickej aliancie s otázkou vstupu do Európskej únie. Referendum by sa malo uskutočniť najneskôr do 26. marca.
Podpisovú akciu za vypísanie referenda o vstupe SR do NATO spustila na Slovensku 14. januára tohto roku skupina občanov, medzi ktorými boli také osobnosti ako bývalý minister spravodlivosti a predseda KDH Ján Čarnogurský, environmentalista Pavol Fabián, publicista Roman Kaliský, generál v zálohe Emil Vestenický, sociologička Zuzana Kusá či spisovateľ Ján Lenčo. Uskutočnenie referenda podporuje Komunistická strana Slovenska, obe národné strany i Strana zelených na Slovensku. Proti sú všetky strany vládnej koalície i Hnutie za demokratické Slovensko. Ak sa však podarí zozbierať 350 tisíc podpisov, bude ho prezident republiky musieť vypísať.
Z krajín, ktoré boli do NATO pozvané v Madride v roku 1997, sa referendum pred vstupom v roku 1999 uskutočnilo iba v Maďarsku. V Českej republike a Poľsku o integrácii rozhodli parlamenty. Pred vstupom týchto troch postkomunistických krajín do NATO sa referendum o vstupe nekonalo v žiadnej členskej krajine aliancie okrem Španielska.
Po pozvaní Maďarska do aliancie sa maďarská opozícia odmietala zmieriť s tým, že dosiahnutie členstva v NATO by sa spájalo iba s politikou vládnej koalície. Preto sa opozičné strany FIDESZ a MDF rozhodli iniciovať vypísanie referenda o vstupe, ktoré však chceli spojiť s ľudovým hlasovaním o novom vládnom zákone o pôde. Vláda, ktorá nechcela záväzné, ale iba "odporúčajúce" referendum o NATO, sa tak ocitla pod silným tlakom. Nakoniec bola nútená vypísať referendum o vstupe do aliancie, podarilo sa jej však vyhnúť plebiscitu o pôdnom zákone. Referendum sa uskutočnilo 19. novembra 1997 a dopadlo nad očakávania dobre. Za členstvo Maďarska v NATO sa vyslovilo 85,3 % účastníkov plebiscitu, teda 42 % všetkých oprávnených voličov. Účasť na referende bola takmer 50-percentná.
V Českej republike požadovali referendum o vstupe do NATO najmä komunisti. Česká strana sociálnodemokratická (ČSSD) si pred voľbami v roku 1998 urobila z referenda jeden z hlavných bodov predvolebnej kampane. Naopak, proti referendu ostro vystupoval prezident Václav Havel. Medzi mnohými politikmi panovali v tejto súvislosti obavy z neveľmi presvedčivých výsledkov prieskumov verejnej mienky. O všetkom nakoniec rozhodol postoj ČSSD -- hoci jej vtedajší šéf Miloš Zeman bol najprv militantom referenda a tvrdil, že Havel prejavil "pohŕdanie českým národom", nakoniec ustúpil tlaku hlavy štátu.
Tiež v susednom Poľsku sa v roku 1998 krátko uvažovalo o vypísaní referenda. Preferovala ho vtedy najsilnejšia strana v Sejme Sociálna demokracia (SLD), nakoniec však jej vtedajší predstaviteľ expremiér Józef Oleksy priznal, že "by to nemalo zmysel". To si uvedomila aj opozičná Únia slobody, ktorá zasa žiadala čo najširšiu diskusiu o dosahu vstupu. Najlepšie to bolo vidieť na prieskumoch. Kým prieskumy nálad obyvateľstva za vstup do Európskej únie sa pohybovali okolo 58 percent, latka podpory vstupu do NATO sa v tom čase dvíhala od 80 do 90 percent. Malo to svoje dôvody, a tie vyvierali predovšetkým z minulosti -- z potreby odpútať sa čo najrýchlejšie od ruskej náruče a hľadať ochranu inde. Takže aj keď bol vstup do aliancie prioritou poľskej zahraničnej politiky, nikto ani po madridskom summite nekoketoval s požiadavkou potreby vypísania plebiscitu. Verejnosti už pritom bolo jasné, že spoločná obrana bude tiež niečo stáť. Z rozpočtu sa Varšava zaviazala vyčleňovať takmer 2,5 percenta HDP ako príspevok na spoločnú obranu aliancie. Vstup Poľska do aliancie sa len na prvých päť rokov odhadoval na sumu 2 mld. dolárov, čo nezahŕňalo financie na modernizáciu armády a následne letectva, ktorú realizuje Varšava v súčasnosti.