Najvyšší súd však môže výsledky volieb zrušiť. Opozičné strany voľbu nového prezidenta buď bojkotovali, alebo sa hlasovania zdržali. Mušarráfovi sa podarilo celkovo získať 671 hlasov poslancov federálneho parlamentu a štyroch provinčných zastupiteľských zborov. Bývalý sudca a Mušarráfov protikandidát Vadžihuddín Ahmad dostal osem hlasov, volebná komisia neuznala platnosť šiestich hlasovacích lístkov.
Najvyšší súd v piatok rozhodol, že konečné výsledky volieb by sa zatiaľ nemali zverejniť, kým sudcovia nerozhodnú o námietkach opozície proti oprávnenosti Mušarráfovej kandidatúry. Opozícia spochybnila fakt, že Mušarráf popri funkcii hlavy štátu zastáva aj post najvyššieho veliteľa ozbrojených síl. Jeho kandidatúra je preto podľa nich neústavná. Poslanci vládnej strany vyhlásili Mušarráfa za víťaza volieb ešte pred sčítaním odovzdaných hlasov. Medzi 685 poslancami, ktorí sa na voľbe zúčastnili, bola len hŕstka opozičných zákonodarcov. Minister pre záležitosti parlamentu Šér Afgan Chán Niazi povedal: "Všetko, čo súvisí s voľbami bolo v súlade s ústavou, bolo to zákonné, morálne a legitímne."
Opozícia tvrdí, že hlasovanie bolo neplatné. "Nebudeme ho akceptovať ako prezidenta. Opovrhuje ústavou, je to osoba, ktorá má sotva nejaký rešpekt pre vládu zákona," povedal líder strany bývalého premiéra Nawáza Šarífa Sadík al-Farúk.
Analytici tvrdia, že Najvyšší súd nebude ochotný Mušarráfovi víťazstvo odobrať. "Zosadiť prezidenta, ktorý nosí uniformu a je vplyvným veliteľom ozbrojených síl, by bolo ťažké uskutočniť v krajine, v ktorej ozbrojené sily tradične dominujú v politike a diktujú ju," pre denník News to napísal komentátor Rahimulláh Júsafzaj. Veľmi pravdepodobným scenárom je podľa analytikov vznik povolebnej aliancie s bývalou premiérkou Bénazír Bhuttovou.
Mušarráf ešte pred voľbami prisľúbil, že v prípade zvolenia na post hlavy štátu z vedenia armády odíde do 15. novembra, kedy sa končí jeho súčasný prezidentský mandát. Prechod k civilnej vláde je nevyhnutým krokom pred parlamentnými voľbami, ktoré sa uskutočnia začiatkom budúceho roka. Zdá sa, že radoví Pakistanci zaujali k voľbám vlažné stanovisko. "Je to len divadlo, nejde o voľby," povedal 28-ročný majiteľ obchodu v meste Multan. "Všetci politici sú rovnakí, či ide o Nawáza Šarífa, Bénazír alebo Mušarráfa. Sú to nepriatelia chudoby," myslí si ďalší Pakistanec. Úplné, no zatiaľ neoficiálne výsledky ohlásili len 80 minút po konaní volieb, a to aj napriek tomu, že volebné urny mali podľa Ahmada zostať zapečatené až do rozhodnutia súdu o námietkach opozície voči Mušarráfovej kandidatúre.