-- 10. septembra 2003: Demisiu ministra hospodárstva Roberta Nemcsicsa prijal prezident SR Rudolf Schuster. Nemcsics abdikoval po tom, ako mu materská ANO vyslovila politickú nedôveru za údajne poškodzujúce výroky v médiách. Jeho nástupcom sa 24. septembra 2003 stal predseda ANO a podpredseda Národnej rady SR Pavol Rusko.
-- 24. septembra 2003: Ministra obrany Ivana Šimka odvolal z funkcie prezident SR Rudolf Schuster na návrh premiéra Mikuláša Dzurindu. Šimkovi vyslovilo 10. septembra Prezídium SDKÚ politickú nedôveru, keď pri hlasovaní vo vláde nepodporil Dzurindov návrh na odvolanie riaditeľa NBÚ Jána Mojžiša. Novým ministrom obrany sa 10. októbra 2003 stal poslanec NR SR a trenčiansky primátor Juraj Liška.
-- 11. mája 2005: Minister kultúry Rudolf Chmel podal demisiu do rúk prezidenta SR Ivana Gašparoviča. Na odchode z funkcie sa Chmel dohodol už koncom roku 2004 s Pavol Ruskom ako predsedom ANO, ktorá ho do vlády nominovala. Chmelovým nástupcom sa 15. júna stal dovtedajší štátny tajomník ministerstva školstva František Tóth.
-- 24. augusta 2005: Ministra hospodárstva Pavla Ruska odvolal prezident Ivan Gašparovič na návrh premiéra Mikuláša Dzurindu kvôli kauze zmeniek za vyše 100 miliónov Sk, ktoré Rusko podpísal podnikateľovi v energetike Ľubomírovi Blaškovi. Po rozkole v ANO vystriedala Ruskovu stranu v koalícii tzv. Lintnerova platforma. Jej člen Jirko Malchárek sa stal novým ministrom hospodárstva.
-- 17. októbra 2005: Minister práce, sociálnych vecí a rodiny Ľudovít Kaník podal demisiu do rúk prezidenta SR Ivana Gašparoviča. Urobil to po medializácii informácie, že jeho rodinná firma požiadala o peniaze z eurofondov. Kaníka vystriedala vo funkcii sociologička Iveta Radičová.
-- 1. februára 2006: Prezident Ivan Gašparovič prijal demisiu ministra obrany Juraja Lišku (SDKÚ) a za jeho nástupcu vymenoval dovtedajšieho štátneho tajomníka rezortu Martina Fedora (SDKÚ). Liška sa rozhodol odstúpiť z funkcie po tragickej havárii slovenského vojenského lietadla, pri ktorej zahynulo 42 osôb.
-- 7. februára 2006: Minister vnútra Vladimír Palko, minister spravodlivosti Daniel Lipšic a minister školstva Martin Fronc podali demisiu do rúk prezidenta Ivana Gašparoviča. Abdikácia troch členov vlády prišla deň po rozhodnutí KDH odísť z vládnej koalície.