Organizácie apelujú, že návrh zákona je v rozpore s Ústavou SR, ako aj s Dohovorom o ochrane ľudských práv a základných slobôd. Zákonu vyčítajú medzi iným to, že núti spolky vyberať od svojich členov členské príspevky, ako aj vylučuje zo spolkoch poľovnícke združenia. Taktiež podľa nich zavádza neprimerané finančné sankcie až do výšky 10 tisíc korún, ktoré môžu byť pre mnohé spolky likvidačné. Spolkom sa nepáči, že by po novom museli vykonávať povinný audit a podvojné účtovníctvo.
Kritickými slovami nešetrila ani Šarlota Pufflerová z organizácie Občan a demokracia. Ako hovorí., "občania predsa môžu robiť to, čo im zákon nezakazuje. Tu je to postavené opačne. Akoby úrady rozhodovali o tom, čo občania môžu a čo nemôžu. To je neprijateľné, také niečo v krajine Európskej únie nemôže existovať." Hovorca rezortu vnútra Erik Tomáš odmieta, že by bol návrh zákona protiústavný. Podľa neho je potreba jej prijatia, aby sa sprehľadnil systém organizácií. "Keby sme si mysleli, že zákon je protiústavný, nepredkladali by sme ho," hovorí Tomáš.
Organizácie, ktoré sa pod pripomienku podpísali žiadajú stiahnutie návrhu zákona a neprekladať ho na rokovanie vláde. V prípade, ak by vláda nerešpektovala ich žiadosť, organizácie budú žiadať rozporové konanie. Ministerstvo vnútra v stredu ponúklo mimovládnym organizáciám stretnutie s ministrom vnútra Robertom Kaliňákom, ku ktorému by malo dôjsť na budúci týždeň. Ako povedal hovorca ministerstva Erik Tomáš, "namiesto precitlivenej reakcie očakávame skôr konštruktívne návrhy na vylepšenie zákona zo strany mimovládnych organizácií."