Tridsaťdvaročná Jonesová nevypovedala pravdivo v kauze kalifornskéj firmy BALCO, ktorá vyrábala a distribuovala zakázané podporné látky špičkovým športovcom. Druhý raz sa previnila, keď klamala o svojej úlohe v podvode a praní špinavých peňazí, do ktorého bol zapojený aj jej bývalý partner a otec jedného z jej synov Tim Montgomery. Ten uložil do jednej z bánk falošné šeky v hodnote 200 000 dolárov. Okrem polročného väzenia bude musieť Jonesová odpracovať 400 hodín verejnoprospešných prác.
"Športovci majú v spoločnosti výnimočný štatút. Zabávajú, inšpirujú a čo je najdôležitejšie, na celom svete slúžia deťom ako vzor. A týmto deťom Jonesová klamala namiesto toho, aby im bola príkladom športového a férového správania sa, ako dosiahnuť víťazstvá v rámci pravidiel," uviedol sudca Kenneth Karas v záverečnej reči. "Preto boli jej prehrešky vážne. Viackrát sa pokúsila prekročiť zákon, ale nik nemá právo klamať."
Marion Jonesová so slzami v očiach pred súdom povedala: "Uvedomujem si závažnosť obvinení, ktoré sú voči mne vedené. Chcem sa ospravedlniť. Prosím vás, neoddeľte ma od mojich chlapcov ani na chvíľku." Vzápätí sa atlétka, ktorá sa vydala za bývalého šprintéra Obadeleho Thompsona a má s ním ďalšieho syna, rozplakala.
Šesťmesačný trest pre Jonesovú je výsledkom dohody štátneho žalobcu Michaela Garciu, atlétkinho obhajcu Henryho de Pippa a sudcu Kennetha Karasa. Obhajoba požadovala, aby Marion Jonesová vyviazla bez trestu. Sudca však pohrozil, že ak na tom budú trvať naďalej, rozsudok môže byť prísnejší ako šesťmesačné väzenie. Jonesová sa vlani v októbri verejne priznala, že klamala vyšetrovateľom, keď tvrdila, že neužívala zakázané podporné prostriedky z produkcie firmy BALCO. Právnici Marion Jonesovej 1. januára požiadali sudcu, aby siahol iba po podmienečnom treste so skúšobnou dobou. "Z americkej hrdinky sa stalo stelesnenie národnej hanby. Dostatočným trestom je pre ňu verejné opovrhnutie od národa, ktorý ju kedysi zbožňoval. Prišla o svoje zlaté medaily, úspechy, zdravie a úctu spoločnosti," píše sa v materiáli predloženom Jonesovej právnymi zástupcami. Federálny prokurátor však poukázal na to, že Jonesová klamala z vypočítavosti a nepriznala, že užívala nezistiteľný anabolický steroid nazývaný "The Clear", inzulín, erythropoietín (EPO) a tiež ľudský rastový hormón. Dokumenty, ktoré vyšetrovatelia našli počas razie v firme BALCO v Burlingtone jasne dokazujú, že Jonesová užívala zakázané látky. Zo správy vyšetrovateľa Jeffa Novitzkého vyplýva, že Marion Jonesová, aby sa uistila, že na OH 2000 v Sydney jej nezistia doping, robila si pred týmto podujatím skúšobné dopingové testy v súkromnom laboratóriu. V dokumentoch získaných pri policajnej prehliadke spoločnosti BALCO sú záznamy o tom, že v septembri 2000 Jonesová užívala nedovolené látky.
V dôsledku šprintérkinho októbrového priznania, že od septembra 2000 do júla 2001 si pomáhala dopingom, Medzinárodný olympijský výbor (MOV) 12. decembra 2007 definitívne potvrdil anulovanie výsledkov M. Jonesovej na OH 2000 v Sydney a odobral jej všetkých päť medailí - zlaté na 100, 200 a 4 x 400 m, bronzové v skoku do diaľky a na 4 x 100 m.