Po vstupe Slovenska do Európskej únie plánuje Colná správa redukovať počet pobočiek colných úradov zo súčasných 183 na približne 57 a zároveň znížiť súčasný stav pracovníkov o 4,56 percenta na 5 562. Vstupom SR do EÚ dôjde k zrušeniu colných kontrol na budúcej vnútornej hranici EÚ. Zaťaženosť pobočiek dovozným a vývozným colným konaním tak klesne približne na pätinu, čím existencia niektorých z nich prestane byť opodstatnená.