Zrušenie samostatnej rozpočtovej kapitoly Najvyššieho súdu v štátnom rozpočte by podľa sudcov tohto súdu mohlo ohroziť nezávislosť najvyššej súdnej inštancie v SR. Navyše podobný osud by mal podľa návrhu ministerstva spravodlivosti, s ktorým už súhlasilo ministerstvo financií a následne aj vláda, postihnúť aj rozpočtovú kapitolu Generálnej prokuratúry. Prokuratúra totiž kopíruje správu súdov aj na tejto úrovni. Peniaze vyčlenené na fungovanie Najvyššieho súdu a Generálnej prokuratúry by malo teda od budúceho roka spravovať v rámci vlastného rozpočtu ministerstvo spravodlivosti. Keď sa v roku 1999 podarilo osamostatniť rozpočet Najvyššieho súdu od rezortného ministerstva, predpokladalo sa, že by sa v budúcnosti mohlo pokračovať v posilňovaní nezávislosti všeobecných súdov aj nižších stupňov i formou finančného osamostatnenia sa od rezortu. Opätovný návrat k stavu spred troch rokov teda vkladá do úst sudcom i prokurátorom argument, že návrh ministerstva nerešpektuje trendy v demokratických krajinách. Podstatou problému aj vzhľadom na prebiehajúcu reformu súdnictva, zmeny sudcovských zákonov či optimalizáciu súdnej sústavy nie je ohrozenie nezávislosti, ale, naopak, požiadavka na vyššiu odbornú kompetentnosť, disciplinárnu bezúhonnosť či rozhodovaciu zodpovednosť sudcov. S tým súvisí rozdelenie súdnej agendy medzi tromi stupňami súdov. Z týchto zmien by mal vyjsť Najvyšší súd ako justičná inštitúcia s prestížnym postavením zjednocovateľa judikatúry. Na druhej strane príde o podstatnú časť dnešnej náplne práce, ktorá spočíva v rozhodovaní o odvolaniach. Ostanú mu len podania vo veciach mimoriadnych dovolaní. Zákonite by sa tým mal podľa ministerstva spravodlivosti znížiť počet sudcov súdu až o dve tretiny súčasného stavu, na 25 sudcov. Keď bude jeho hospodárenie kontrolovať rezortné ministerstvo, bude oveľa jednoduchšie z pozície správcu financií stanoviť nové počty jeho personálneho obsadenia.