Pripisujú sa jej viaceré nacionalistické či protimaďarské kroky. Ministerstvo podporilo v školách knihu Dejiny Slovenska a Slovákov (1945-1993) od Milana S. Ďuricu. Jeho prácu viacerí historici úplne odmietajú. Kniha ospravedlňuje Slovenský štát a úlohu Jozefa Tisa či spochybňuje Slovenské národné povstanie, ako informoval aj Denník N.
Proti knihe vystúpil Historický ústav SAV, a keďže sa kniha financovala z európskych peňazí, kauza sa dostala až na medzinárodnú úroveň. Spor sa skončil až tým, že ministerstvo na naliehanie Únie neodporučilo knihu používať na školách.
Ďalší prešľap ministerky voči našim maďarským susedom bol v podobe dvojjazyčných vysvedčení. Ministerka stopla ich vydávanie v školách s vyučovacím jazykom maďarským, čo spôsobilo protesty rodičov aj pedagógov.
S kontroverznými krokmi či výrokmi ministrov proti maďarskej menšine však SNS nekončí, ukázal sa aj minister školstva Ján Mikolaj. Spor v roku 2008 vyvolala maďarská vlastiveda a dejepisná čítanka, informoval denník Pravda.
Ministerstvo z nej vymazalo maďarské názvy a tie slovenské skloňovalo v maďarskom texte tak, že podľa jazykovedcov išlo o gramatické nezmysly. S riešením však nesúhlasila ani SMK a žiadala také vydávania ako za predchádzajúcej vlády.
Slota vtedy obviňoval SMK, že organizuje občianske protesty: „Len kvôli tomu, že maďarské nápisy nie sú hneď vedľa slovenských, ale až na konci učebnice. Vyzýva doslovne k občianskym nepokojom, čo je podľa nás triviálne a umelo nafúknuté.“