V úrade: 2. marec 1993 – 2. marec 1998
Premiéri: V. Mečiar, J. Moravčík, V. Mečiar
Do úradu nastupoval v roku 1993 ako vyštudovaný ekonóm a bankár, ktorý bol zvolený ešte trojpätinovou väčšinou v parlamente. Aj keď na takýto „úspech“ bola potrebná podpora jeho materskej strany HZDS, Kováč sa neskôr stal stelesnením odporu proti vláde. A tiež krízy, keď premiér a prezident republiky nejdú ruka v ruke, ale skôr päsťou proti pästi.
Jeho spor s vtedajším premiérom Vladimírom Mečiarom aj prekročil hranice Slovenska, keď sa nám „vďaka nemu“ odďaľoval vstup do Európskej únie či aj NATO. Únia najprv demaršom reagovala na povolebný vývin na Slovensku a neskôr aj prostredníctvom neho vyjadrila znepokojenie nad prebiehajúcimi politickými spormi. Naše brány k integrácii otvorili až voľby v 1998. Ale to je už iný príbeh.
Spor Kováča s Mečiarom sa ťahal prakticky od začiatku ich vzťahu prezident – premiér. Najprv nechcel z postu vtedajšieho ministra zahraničných vecí odvolať Milana Kňažka, čomu však nakoniec po naliehaní premiéra vyhovel. Iné to však bolo v prípade Ivana Lexu. Kováč ho odmietal vymenovať za ministra privatizácie, týmto krokom chcel Mečiar zabezpečiť chýbajúce peniaze pre stranu.
„Pán Lexa nespĺňa predpoklady na vykonávanie tejto funkcie a nemá ani moju osobnú dôveru,“ argumentoval. Lexa sa nakoniec vďaka odobreniu vlády stal štátnym tajomníkom, a keďže minister absentoval, rezort mu patril aj pod inou funkciou. Podobne to bolo aj s Lexovým vymenovaním za šéfa Slovenskej informačnej služby. Tým sa však neskôr stal, keď vláda v roku 1995 zmenila zákon, ktorý určuje voľbu šéfa tejto inštitúcie, a preniesla ju, neprekvapivo, na seba.
Kováč však v svojej rezistencii nezostával ticho a svoj negatívny postoj k Mečiarovi vyjadril aj v roku 1994 v správe o stave republiky. Vtedajšieho premiéra v nej obvinil z neschopnosti partnersky komunikovať a viesť dialóg, keď nepracuje s inými „než jemu zaviazanými ľuďmi“. A nezostala bez turbulentnej dohry. Parlament vyslovil Mečiarovi nedôveru, no po predčasných voľbách opäť zostavoval vládu.
Kampaň proti prezidentovi a neschopnosti ho odvolať vyústila až do únosu jeho syna Michala Kováča mladšieho do Rakúska, mal byť údajne zapletený do finančného podvodu. Za jeho únosom mala stáť práve slovenská tajná služba. A situácia medzi štátnikmi sa vyostrovala naďalej, v rámci ktorej prezident odporoval aj viacerým predkladaným zákonom.
Prvý prezident vo funkcii skončil v roku 1998, zomrel v roku 2016 vo veku 86 rokov. Mečiar na jeho pohreb pozvaný nebol. Okrem symbolu odhodlania ísť proti HZDS-áckemu prúdu sa spája hlavne s neistým obdobím, ktoré začiatky našej samostatnosti priniesli. Okrem Mečiara totiž náš štát ohrozovali aj rôzne kriminálne živly a ich prepojenie s politikmi či políciou.