Prvým problémom referenda bol už samotný termín odovzdania petičných hárkov, ktoré SaS priniesla prezidentovi 9. júna. Tým však sama znemožnila, aby sa referendum konalo v deň komunálnych volieb. SaS tak možný budúci úspech referenda obetovala v mene vrcholiaceho predvolebného boja. Väčšina médií túto skutočnosť prešla mlčaním, naopak, keď prezident referendum vyhlásil na 18. septembra, takmer všetci komentátori a politológovia dávali prezidentovi za vinu, že ho nevyhlásil v deň komunálnych volieb. Podľa lehôt daných ústavou tak však objektívne nemohol urobiť.
Druhým problémom referenda bola kampaň. Vládna koalícia zaujala k referendu rozdielne postoje. Je to prekvapujúce. Práve preto, že časť referendových otázok je vo vládnom programe, mohla koalícia ako celok referendum podporovať a získať tak čo najväčšiu podporu verejnosti pre svoje návrhy. Samotná SaS komunikáciu zanedbala a kampaň spustila až na záver.
Lídri Smeru sa v otázke referenda vyjadrovali presne naopak ako v minulosti. Táto skutočnosť však nebola médiami výraznejšie akcentovaná. Ani vládna koalícia, ktorá mohla toto využiť a postaviť proti Ficovej komunikačnej stratégii ("referendum sú zbytočne vyhodené peniaze") jeho minulé tvrdenia, tak efektívne neurobila a nevyužila tak slušný komunikačný potenciál.
V situácii, keď väčšina politických elít občanov od účasti v referende fakticky odrádzala, keď všetky médiá vopred konštatovali, že referendum bude neplatné, sa dá účasť takmer 23 percent oprávnených voličov na referende označiť za úspech. Interpretácia výsledkov referenda predstaviteľmi Smeru, že "80 percentám voličov boli tie otázky buď ľahostajné, alebo boli proti", je dezinterpretáciou reality. Prieskumy verejnej mienky totiž potvrdzujú, že veľmi podobný názor ako menšina, ktorá hlasovať bola, majú všetci voliči. Voliči, ktorí sa na ňom zúčastnili, išli svoj názor vyjadriť napriek tomu, že si boli vedomí jeho neplatnosti.
Najväčším problémom referend je však nejasná interpretácia ich účinkov. Judikatúra Ústavného súdu ani stanoviská ústavných právnikov nedávajú jednoznačnú odpoveď na otázku, aké účinky má platné referendum a či je pre poslancov záväzné. Po platnom referende tak môže nastať ďalší politický a právny boj o implementáciu jeho výsledkov. Na túto spornú otázku by mali zákonodarcovia alebo Ústavný súd dať jednoznačnú odpoveď.
Po piatom neplatnom referende je tiež legitímnou otázka, či nie je čas na diskusiu o zavedení viacerých typov referend, kde by potrebné kvórum a právne účinky referenda boli závislé od zadefinovaných okruhov "dôležitých otázok verejného záujmu". V opačnom prípade s veľkou pravdepodobnosťou bude neplatné aj to ďalšie...