Dodnes sú mnohí presvedčení, že Gottwaldova smrť nebola prirodzená. Najčastejšie sa spomínala teória, že na druhý svet mu pomohli v Moskve: v čase, keď bol na pohrebe J. V. Stalina, ho mali otráviť, respektíve ožiariť rádioaktívnym kobaltom. Myslela si to aj Gottwaldova manželka Marta, ktorá to viac ráz vykričala verejne. Dokonca aj na pohrebe svojho muža.
Aj keď je to málo pravdepodobné, vylúčiť sa táto možnosť nedá. Moskva totiž o Gottwaldovej chorobe vedela -- stačilo, aby súdruhovia nasmerovali lietadlo do väčších výšok a mohli sa československého prezidenta elegantne zbaviť. No vylúčiť sa nedá ani domnienka, že Gottwaldova smrť bola dielom prívržencov Rudolfa Slánskeho, ktorí sa pomstili za jeho popravu. Určite sa však nedá pracovať s vysvetlením, že Gottwald prechladol na pohrebe a dostal chrípku, ktorá sa mu stala osudnou. Tak totiž znela oficiálna verzia jeho úmrtia.
Chorý muž
Československý prezident nebol celkom zdravý. Už v polovici septembra 1944 prekonal silný infarkt, ktorý dostal na chodbe moskovského hotela Lux, kde býval s ďalšími exilovými prominentmi. Podľa inej verzie 1. januára 1945 ochrnul na polovicu tela. Možné je oboje, lebo trvalé následky mal do konca života.
Dnes už nie je tajomstvom, že Gottwald dlhé roky trpel syfilisom. Penicilín ho nevyliečil, ale aspoň na čas upravil jeho zdravotný stav. Keď sa Stalin dozvedel o chorobe, zúril. Rozčuľovalo ho, že neskorší vazal ju pred ním zatajil. Gottwald cítil, že sa previnil a odvtedy bol ešte servilnejší a ochotnejší urobiť čokoľvek.
Sovietsky i československý komunista sa potrebovali. Na štátny prevrat v ČSR potreboval Stalin práve Gottwalda, ale zdravého a plného sily. Preto tajne informoval o jeho zdravotnom stave generálneho tajomníka ÚV KSČ Rudolfa Slánskeho, ktorý dostal za úlohu nájsť pre neho vhodného lekára. Nakoniec sa ním stal Ladislav Haas. Ten musel raz do mesiaca chodiť k Slánskemu a informovať ho, aký je momentálny Gottwaldov zdravotný stav. Slánsky potom správu posielal Stalinovi. V septembri 1946 však doktora Haasa náhle odvolali. Marta Gottwaldová sa viackrát sťažovala, že jej muža, ktorý bol už predsedom vlády, by mal liečiť najmenej docent alebo profesor. A tak sa osobným lekárom stal profesor Vlastimil Haškovec. Pohlavná choroba za niekoľko rokov postúpila a spôsobila rozsiahlu vydutinu hlavnej tepny.
Veľa príležitostí
Slánskeho odvtedy akoby nezaujímalo nič iné, len ako dlho sa dá s touto chorobou žiť. Prekvapilo ho, že Gottwaldovi dávali dva roky života. Stalin si rýchlo vyrátal, že jeho koniec môže prísť niekedy na jeseň 1949. Aj to bol jeden z dôvodov, aby sa v Československu uskutočnil prevrat čím skôr.
Gottwaldov zdravotný stav sa nezlepšil ani v nasledujúcich rokoch, keď bol prezidentom. Naopak, zhoršoval sa nadmerným pitím.
Keď Stalin zomrel, lekári Gottwaldovi neodporúčali, aby cestoval na pohreb. A keď, tak rozhodne nie lietadlom, pretože atmosférické zmeny môžu zhoršiť jeho zdravotný stav. Prezident neposlúchol. Do Moskvy odišiel vojenským lietadlom, ktoré, pochopiteľne, nad sovietskym územím navigovali sovietski technici. A tak ktovie, do akej výšky lietadlo nasmerovali. To isté však mohli urobiť aj naši technici, ktorí prebrali lietadlo nad naším územím.
Už v Moskve bolo Gottwaldovi zle. Neobrátil sa však na svojho lekára, ktorý s ním pricestoval z Prahy, ale na sovietskych odborníkov. Ak by bola jeho smrť dielom moskovských súdruhov, mali druhú možnosť, ako s ním skoncovať. A tretiu po tom, keď sa šéfom lekárskeho tímu v Prahe stal sovietsky lekár Markov, ktorý v Československu pôsobil ako poradca.
Telo v rozpade
Ráno 13. marca 1953 sa Gottwaldovi priťažilo, praskla mu vydutina aorty. Lekári usúdili, že Gottwada môže zachrániť jedine operácia. Napriek tomu sa odmietli do nej pustiť. Najskôr si uvedomili, ako by dopadli, keby sa operácia nevydarila. Najmä, keď v Moskve vrcholil súd s tzv. lekármi -- travičmi.
Československý prezident zomrel 14. marca 1953 o 8.15 hod. Ľud sa to dozvedel o šesť hodín neskôr z rozhlasových prijímačov. Smutná správa sa ozývala aj z mestských a dedinských ampliónov. O dva dni vystavili rakvu s Gottwaldovými pozostatkami v Španielskej sále na Pražskom hrade.
Pohreb sa za prítomnosti delegácií komunistických a robotníckych strán konal 19. marca. Bol veľkolepý, na Letenskej pláni bola obrovská vojenská prehliadka a na Václavskom námestí posledná rozlúčka za účasti asi tridsiaťtisíc ľudí. Potom mŕtveho prezidenta previezli na lafete do Národného pamätníka na Vítkove. Gottwald bol balzamovaný podobne ako Lenin a Stalin sovietskymi špecialistami, avšak konzervácia sa z doteraz neznámych príčin nepodarila a koncom 50. rokov predsedníctvo KSČ rozhodlo, že bude tajne spopolnený. Stalo sa tak v roku 1962 a mauzóleum bolo zrušené.