I keď nič nebráni tomu, aby bol v zmluve o výkone funkcie či v spoločenskej zmluve dojednaný výkon funkcie konateľa bezodplatne, bezodplatnosť výkonu tejto funkcie je výnimkou. O to viac, že pri absencii zmluvy o výkone funkcie, a teda pri subsidiárnej aplikovateľnosti právnej úpravy mandátnej zmluvy, s. r. o. bude musieť reagovať na skutočnosť, že odplatnosť je jedným z pojmových znakov mandátnej zmluvy. Koniec koncov, do pôsobnosti valného zhromaždenia patrí aj rozhodovanie o odmeňovaní konateľa.
Odmena konateľa môže pozostávať
-- nielen zo stáleho, periodicky vyplácaného príjmu vopred stanovenej výšky,
-- ale aj z tantiém, teda odmien za dosiahnuté výsledky, či mimoriadnych odmien.
V zmluve o výkone funkcie alebo priamo v spoločenskej zmluve je preto vhodné nielen stanoviť výšku pravidelného, periodicky vyplácaného príjmu konateľa, ale aj určiť spôsob stanovenia výšky tantiém.
Osoba, ktorá je konateľom s. r. o. môže registrovať viacero príjmov, ktorých zdrojom je s. r. o.; tieto jednotlivé príjmy sa od seba líšia právnym titulom, na základe ktorého dochádza k ich výplate, a taktiež ich kvalifikáciou zákonom č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov v znení neskorších predpisov (ZDP). Môže sa stať, že konateľ by s s. r. o. uzatvoril zmluvu, v rámci ktorej by bol predmetom plnenia z jeho strany výkon činnosti, ktorá nefiguruje ako predmet činnosti s. r. o. (ak by táto činnosť figurovala ako predmet činnosti s. r. o., výkonu tejto činnosti zo strany konateľa v jeho mene alebo na jeho účet by bránilo ust. § 136 ods. 1 písm. a) Obchodný zákonník stanovujúci rozsah zákazu konkurencie konateľa) a zároveň je činnosťou, na výkon ktorej má živnostenské oprávnenie konateľ ako fyzická osoba. V tomto prípade bude teda právnym titulom príjmu konateľa zmluva, no skutočnosť, že v rámci tejto zmluvy je predmetom plnenia zo strany konateľa výkon činnosti, na ktorú má konateľ živnostenské oprávnenie spôsobuje zaradenie príjmu z takejto zmluvy pod príjmy z podnikania podľa ust. §6 ods. 1 písm. b) ZDP.
Konateľ ako spoločník s. r. o. môže byť zároveň spoločníkom s. r. o. a z tohto titulu môže byť konateľovi -- spoločníkovi s. r. o. vyplatený podiel na zisku, prípadne aj vyrovnávací podiel či podiel na likvidačnom zostatku ako vyjadrenie ďalších majetkových práv spojených s obchodným podielom. Viac informácií o odmeňovaní konateľa s. r. o. nájdete v odbornej publikácii Zodpovednosť a riziko pri vedení firmy (Právo a manažment, číslo: 23/2004).