Na podporu farmárom vznikla Pôdohospodárska platobná agentúra, napojená na štátny rozpočet, ktorá zabezpečuje administratívu okolo eurofondov a financií národnej podpory. Uviedla do života predvstupový SAPARD aj povstupový fond EAGGF. Stará sa o zavedenie Plánu rozvoja vidieka, priame platby či podporu znevýhodnených oblastí a zabezpečuje organizovanie trhu s vybranými poľnohospodárskymi výrobkami. Agentúra ukončila v roku 2006 prijímanie, vyhodnocovanie a kontrahovanie žiadostí o nenávratný príspevok. Priame platby budú do konca roka tvoriť 10,89 miliardy, na rozvoj vidieka je určených 1,34 a celkovo sa tento rok vyplatí 15,27 miliardy korún.
V oblasti priamych platieb agentúra schvaľovala žiadosti na jednotnú platbu na plochu a na doplnkové priame platby. Sú to príspevky na plodiny pestované na ornej pôde, na vybrané odrody tabaku, chmeľ, chov dojčiacich kráv, chov bahníc, jariek a kôz a osobitné platby na cukor.