Najväčšie ťažkosti koronavírus spôsobí vo chvíli, keď sa dostane do pľúc. Účinný liek by tak mal zabrániť vírusovému proteínu uchytiť sa na hostiteľskej pľúcnej bunke. Vírus však nie je statický objekt, naopak je v neustálom veľmi neusporiadanom pohybe a s tým sa mení aj tvar proteínu.
Vedci preto potrebujú nasimulovať obrovské množstvo variantov väzby proteínu na receptor, aby mohli optimalizovať účinnú látku vznikajúceho lieku. Viac a podrobnejšie sa o tom dočítate na stránke projektu tu (v angličtine).
Stanfordská univerzita preto vedcom ponúkla výpočtový výkon svojho projektu Folding@Home, ktorý je využívaný vývojovými tímami pre výpočty a simulácie pri výskume liečebných látok na liečbu rakoviny, Alzheimerovej, Parkinsonovej a Huntingtonovej choroby. Projekt tak teraz bude slúžiť aj pre výskum vírusu SARS-CoV-2, uvádza český Technet.cz.
Projekt Folding@Home je známy a už devätnásť rokov fungujúci výpočtový grid tvorený obrovským množstvom klasických domácich počítačov. Tie pomocou špeciálneho softvéru ponúkajú užívateľom práve nevyužívaný výpočtový výkon - softvér z riadiaceho servera prijme „zákazku“, tú spracuje a na server pošle späť výsledok.
A takto stále dokola. Jednotlivé úlohy spravidla strojmi zaberú jednotky alebo desiatky hodín. Vďaka obrovskému množstvu zapojených počítačov patrí grid projektu Folding@Home medzi najvýkonnejšie superpočítače sveta.
Užívateľ si môže nastaviť, koľko výkonu dá gridu k dispozícii počas bežnej prevádzky, alebo či dá výkon k dispozícii len v čase, keď pri počítači nesedí (počítač nič nerobí) a výkon tak nepotrebuje.
Vyššia alebo vysoké zaťaženie počítača sa pre užívateľa prejaví zvýšenou spotrebou elektrickej energie a v závislosti na konštrukcii počítače aj hlučnosťou.
Zo serveru Technet.cz si projekt Folding @ Home (na stiahnutie tu) nainštalovali na výkonný desktop Acer ConceptD 500 s procesorom Intel Core i9-9900K, 32 GB operačnej pamäte, grafickou kartou Nvidia Quadro RTX 4000, 1TB SSD a 2TB HDD.
Projektu zatiaľ nechali všetok dostupný výkon, podľa aplikácie HW Info je bežne 100 percent vo výkone procesora a zhruba 80 percent výkonu grafického čipu - aj ten je u Folding@Home do výpočtov zapojený.
Spotrebu energie si merajú pomocou chytrej zásuvky HS110 od TP-Linku, spotreba vyťaženého stroja sa pohybuje okolo 240 W, plus mínus dva watty. Za deň tak plne vyťažený ConceptD 500 spotrebuje približne 5,8 kWh elektrickej energie, čo je pri bežnej domácej sadzbe zhruba jedno euro. Samozrejme záleží na spotrebe daného počítača a nastavení výkonu, nakoľko smie Folding @ Home počítač vyťažiť.
„Niečo robiť“ pre zlepšenie situácie je vždy lepšie ako bohapusto panikáriť, uvádza Technet.cz. Väčšina z nás nemá ani vzdelanie, ani schopnosti vo vývoji lieku vedcom pomôcť, venovaním výpočtového výkonu však môžete jasne prispieť. A keď práve nie proti koronavírusu, tak proti ďalším nebezpečným chorobám.