Podľa Fica je za kauzu zodpovedná konkrétna politická strana, ktorá nominovala členov do vrcholového vedenia Slovenskej správy ciest. Tunelovanie sa malo odohrať v rokoch 2001 až 2003, keď bola pri moci vláda Mikuláša Dzurindu."Spôsob vytunelovania bol primitívny," povedal premiér. Predseda poslaneckého klubu SDKÚ - DS Stanislav Janiš však obvinenie odmieta. "Nech to vyriešia orgány na to určené," hovorí Janiš.
Ako hovorí, oproti víťaznému súťažnému návrhu, ktorý predpokladal sumu 670 miliónov korún, na dodávku technologickej časti tunela reálne vynaložili 1,97 miliardy, čo predstavuje viac ako trojnásobok pôvodnej sumy. Slovenská správa ciest údajne preplácala fiktívne faktúry na práce, ktoré v skutočnosti neboli vykonané. Tieto ďalej vo Švajčiarsku prerozdeľovali na osobné účty medzi inými aj členom bývalého vedenia Správy ciest. Dispozičné práva k účtom mal údajne Gabriel P.
Roman Veselka, bývalý ekonomický riaditeľ Slovenskej správy ciest a jeden z obžalovaných, podal sťažnosť proti obvineniam v kauze Branisko. Ako hovorí Veselka, Najvyšší kontrolný úrad nezistil žiadne fiktívne vystavované faktúry, či navyšovanie cien. Na margo dodaných technológií pre stavbu uviedol, že projekt po technickej stránke nebolo možné realizovať tak, ako sa to písalo v zmluve. Kvôli urýchleniu prác preto navrhli rozšíriťdodávateľov o konzorcium švajčiarskych spoločností Erga Suisse a Nay + Partners. Ako dodáva, Slovenská správa ciest akceptovala tento návrh, pretože bol doložený odbornými referenciami. Spojenie výstavby technologickej časti tunela s prevodom peňazí bývalých manažérov správy ciest považuje za účelový. Ako hovorí Veselka, táto aktivita nesúvisela s výstavbou tunela. Polícia podľa neho ignoruje, že "peniaze týkajúce sa tohto obchodu boli ešte v roku 2004 vrátené bývalými manažérmi správy ciest, načo existujú hodnoverné doklady ktoré sú tiež v rukách vyšetrovateľa," hovorí Veselka.
Prvýkrát hovoril premiér Fico o tunelovaní Braniska v pondelok, na svojej zahraničnej ceste vo Švajčiarsku. Ako neskôr oznámil a jeho slová potvrdila aj polícia, 1. apríla bolo vznesené obvinenie voči desiatim ľuďom v súvislosti s výstavbou tunela. Medzi nimi sú aj traja bývalí riadiaci pracovníci Slovenskej správy ciest. „Nepochybne išlo o tunelovanie nominantami súčasnej opozičnej SDKÚ,“ uviedol premiér. Obvinení údajne založili zločineckú skupinu a prostredníctvom nastrčenej firmy a fiktívnych faktúr sa obohacovali a finančný zisk skončil na účtoch švajčiarskych bánk. Fico plánuje ďalej postupovať v spolupráci so švajčiarskou stranou. Vyšetrovanie bude podľa premiéra smerovať do Lichtenštajnska a do Veľkej Británie.
Tunel Branisko na východnom Slovensku sa staval v rokoch 1996 až 2003, čiže za vlády Vladimíra Mečiara aj Mikuláša Dzurindu. Výstavba tunela stála okolo 9 miliárd korún. Podľa polície prišlo Slovensko pri výstavbe o vyše 260 miliónov korún.