Podľa zistení Najvyššieho kontrolného úradu (NKÚ) niektoré vojenské správy budov ministerstva obrany nehospodárne a neefektívne použili finančné prostriedky v celkovej sume približne 100 miliónov Sk. Malo sa to prejaviť v rekonštrukcii budov a dodávkami technologického zariadenia, ktoré sa následne nevyužívalo, respektíve investíciami do nehnuteľností, ktoré v budúcnosti Ozbrojené sily SR nemienia využívať. Vojenské správy mali tiež uhrádzať finančné prostriedky za práce a dodávky, ktoré neboli vykonané. Rozpočtovú disciplínu porušili v sume vyššej ako 900-tisíc korún.
Ministerstvo obrany SR v reakcii na tvrdenia NKÚ uviedlo, že takáto interpretácia výsledkov kontroly je nepresná. "Väčšina kontrolných zistení nepreukázala nehospodárnosť, prípadne neefektívnosť, ale zistila odstrániteľné pochybenia v účtovných postupoch," píše sa v stanovisku MO SR. Rezort na základe zistení NKÚ prijal 57 opatrení, o ktorých konzultoval s NKÚ. Prvé hodnotenie ich účinnosti bude k 31. 12. 2003. Dovtedy by sa mala odstrániť podstatná časť pochybení v účtovníctve.