Dopravný systém Nitrianskeho kraja hodnotia odborníci ako dobre rozvinutý. Je to kraj s významnými cestnými ťahmi, sú tu železničné uzly medzinárodného významu a tiež riečna doprava s dôležitým prístavom. Nechýba ani letisko, hoci využívané väčšinou lokálne, je však vhodné aj pre charterové lety v kraji. Avšak dostupná vzdialenosť od najdôležitejšieho medzinárodného letiska v Bratislave, dáva kraju jednoznačne aj tento dôležitý dopravný rozmer.
Cesty
Cestné prepojenie medzi okresmi a aj medzinárodnými ťahmi v kraji je dobré.
Kvalitu cestnej siete v Nitrianskom kraji výrazne zvýšila rýchlostná cesta R1, ktorú nazvali Pribina. Zhruba pred rokom nahradila tzv. cestu smrti medzi Nitrou a Zlatými Moravcami a spojila 14 obcí kraja. Je na nej šesť mimoúrovňových križovatiek a 84 mostných objektov v celkovej dĺžke 6 843 metrov a na viac ako 32,6 kilometra cesty sú protihlukové steny.
Na tomto novom úseku R1 je nainštalovaný najmodernejší kamerový systém sledovania dopravy. Operátori cez 12 obrazoviek a 36 kamier majú celú stavbu pod dohľadom. Prostredníctvom regionálnych správ a údržieb ciest sa kraj stará spolu o 2 541 kilometrov ciest. Vo svojej správe má 2 041 kilometrov ciest II. a III. triedy, avšak stará sa aj o 500 kilometrov ciest I. triedy, ktoré patria Slovenskej správe ciest.
Podľa zainteresovaných R1 v prvom rade prevzala na seba tranzitnú dopravu v kraji v smere západ – východ, ktorá dovtedy prechádzala krajským mestom Nitra. R1 nepomohla však odbremeniť tranzit v smere sever – juh, to znamená v smere od Topoľčian do Nových Zámkov. Tento smer naďalej prechádza cez centrum mesta.
R1 na jednej strane ovplyvnila prerozdelenie smerovania dopravy v celom kraji a zároveň prispela k využívaniu ciest, ktoré neboli doteraz tak výrazne zaťažované. Ide najmä o cestu III. triedy Kozárovce – Levice.
Najväčším problémom pre samosprávny kraj je kvôli mýtu obchádzanie spoplatnených ciest, a tým pádom nadmerné ničenie ciest II. a III. triedy ťažkými nákladnými vozidlami.
Problém nielen Nitrianskeho, avšak všetkých krajov je, že cesty ležia na majetkovo nevysporiadaných pozemkoch. Podľa šéfa VÚC Nitra Milana Belicu až 70 percent ciest II. a III. triedy v kraji nie je majetkovoprávne vysporiadaných. To je problém. Nielen vo vzťahu k pôvodným majiteľom, avšak aj preto, že na opravu ciest ležiacich na nevysporiadaných pozemkoch nemožno sa uchádzať a peniaze z eurofondov a využívať ich.
Železnica
V regióne je rozsiahla železničná sieť, avšak absentuje kvalitná železničná doprava. Nitra je jediným krajským mestom na Slovensku bez elektrifikovanej železničnej trate s priamym spojením s hlavným mestom. Modernizácia železníc je v kompetencii štátu. Župan Belica v tejto súvislosti zvykne pripomínať, že aj keď na území kraja leží energetické srdce Slovenska – jadrová elektráreň Mochovce, na väčšine územia kraja jazdia stále iba motorové vlaky.
Vlaková stanica krajského mesta je tiež už roky trvajúci vážny problém. Stojí už od roku 1876 a aj keď jej štýl zodpovedá výpravným budovám Rakúskej spoločnosti štátnej železnice, nie je kultúrnou pamiatkou. Jej oprava by bola finančne veľmi náročná, preto sa uvažuje o novej budove. Avšak ani na jedno, ani na druhé nie sú peniaze. Rekonštrukcia starej budovy by podľa Železníc SR vyšla na štyri milióny eur bez DPH a výstavba novej zhruba na dva milióny eur.
Dĺžka železničnej trate v kraji je 625 km, z toho 537 km sú jednokoľajové trate a 158 km je elektrifikovaných. Zefektívniť a zrýchliť viaceré trate v kraji by rozhodne bolo vhodné.
Železnice SR vlani ani v tomto roku nezrušili zatiaľ v kraji ani jednu regionálnu trať.
Železničná doprava vzhľadom na hospodársky význam kraja nie je dostatočná, hoci hustota železničnej siete v SR v porovnaní s vyspelými krajinami EÚ-15 je vysoká. Problémom je nízka výkonnosť železníc, ktorú má na svedomí tak nedostatočná obnova, ako aj nízka technická úroveň. Hustota železničnej siete SR je 0,075 km/km2 a výrazne prevyšuje priemer v EÚ–15, ktorý je 0,047 km/km2. Hustota železničnej siete v Nitrianskom kraji je 0,090 km/km2.
Najdôležitejšou železničnou traťou na území Nitrianskeho kraja je trať Bratislava – Štúrovo – Maďarsko.