Systém kontroly obchodu so zbraňami v SR je podľa mimovládnych organizácií nedostatočný. Amnesty International a Human Rights Watch (HRW) opakovane poukazujú na fakt, že pre tranzit vojenského materiálu cez Slovensko platí licenčná výnimka, ak tento materiál nie je na území SR dlhšie ako sedem dní. Reexportované zásielky zbraní tak podliehajú len leteckej a colnej kontrole. Tieto kontroly podľa HRW nebránia zneužitiu obchodu so zbraňami. Hovorkyňa Colného riaditeľstva SR Silvia Balásziková však tvrdí, že pravdepodobnosť zásielky zbraní zo Slovenska do embargovanej krajiny je minimálna, pretože systém kontroly exportu zbraní je viacstupňový. Naopak, HRW odporúča SR prijať legislatívne reformy, ktoré by vyžadovali licenčné konanie na všetky tranzity. Podľa predsedu Výboru pre obranu a bezpečnosť NR SR Róberta Kaliňáka je legislatíva v úplnom poriadku, prax však môže ukázať nedostatky. Za mnohými reexportnými zásielkami sú podľa neho slovenskí obchodníci, ktorí povolenie majú. Reexport využívajú na to, aby nakúpili tovar v zahraničí a ďalej ho poslali svojmu objednávateľovi. Licencie u nás udeľuje ministerstvo hospodárstva. Ako poradný orgán zriadilo Stálu expertnú komisiu zloženú zo zástupcov kľúčových ministerstiev a SIS. V snahe zamedziť ovplyvňovaniu jej členov uchádzačmi o licenciu MH nariadilo utajenie ich stanovísk. Od júna 2005 budú mať žiadatelia o licenciu povinnosť preukázať sa aj previerkou priemyselnej bezpečnosti. Dovtedy stačí potvrdenie, že sa o previerku na Národnom bezpečnostnom úrade (NBÚ) uchádzajú. Podľa riaditeľa kancelárie NBÚ Miroslava Brvnišťana táto inštitúcia preveruje spôsobilosť narábať s vojenským materiálom, komplexnú činnosť uchádzača, ale aj finančné náležitosti. Previerka NBÚ pre obchodníka platí 5 rokov na všetky kontrakty. V súvislosti s potrebou previerky Kaliňák upozorňuje na fakt, že nelegálne obchody aj tak odhaľuje polícia či SIS. SIS podľa jej hovorcu Vladimíra Šimka sleduje cieľovú krajinu, štruktúru materiálu a jeho použitie, či sa napr. jadrový materiál, deklarovaný ako palivo, nevyužíva na výrobu zbraní.