Pre poskytovanie európskych fondov platia prísne pravidlá. Je to potrebné preto, aby bolo kontrolované, na čo sa financie používajú a aby prostriedky Európskej únie boli použité transparentne a zodpovedne. Komisári Európskej únie nesú hlavnú politickú zodpovednosť za užívanie finančných prostriedkov. Samotné členské štáty tiež zodpovedajú za vykonávanie kontrol a ročných auditov. Kontrola sa teda robí tak na úrovni únie, ako aj na úrovni jednotlivých štátov. Viac ako 70 % z rozpočtu Európskej únie sa spravuje v spolupráci so štátmi únie. Ak sú platby, ktoré sú poskytnuté štátom, neoprávnené, tak Komisia spolu s krajinami rieši vrátenie financií do rozpočtu Únie.

Inštitúcia, ktorá sa venuje kontrolovaniu finančných prostriedkov EÚ na úrovni únie, je Európsky dvor audítorov. Jeho hlavnou úlohou je kontrolovanie toho, či sa s finančnými prostriedkami Únie nakladá správnym spôsobom. Inštitúcia napríklad robí audit príjmov a výdavkov EÚ, kontroluje tých, ktorí narábajú s prostriedkami Únie a hlási Európskemu úradu pre boj proti podvodom podozrenie, že došlo k podvodu. Dokument, ktorý implementuje Európske štrukturálne a investičné fondy v našich podmienkach pre aktuálne programové obdobie, je Partnerská dohoda SR. Tento dokument pripravuje, reviduje a realizuje Sekcia centrálny koordinačný orgán z Úradu podpredsedu vlády SR pre investície a informatizáciu. Cieľom dohody je koordinácia programovania, implementácie, monitorovanie a hodnotenie európskych fondov v oblastiach Investovanie do rastu a zamestnanosti a Európska územná spolupráca.

Ďalším z orgánov, ktoré sa zaoberajú správnosťou využívania finančných prostriedkov EÚ, je Európsky úrad pre boj proti podvodom, ktorého skratka je OLAF. Inštitúcia je súčasťou Európskej komisie. Úrad robí vyšetrovania podvodov, korupcie a iných nezákonných činností, ktoré sa týkajú európskych inštitúcií. Za jeho činnosti je zodpovedná podpredsedníčka Európskej komisie pre rozpočet a ľudské zdroje.