Referendum o vstupe do EÚ prebehlo najpokojnejšie zo všetkých doterajších volieb a plebiscitov, ktoré sa v SR uskutočnili po roku 1989. Takto zhodnotil priebeh bezpečnostnej situácie počas dvoch volebných dní minister vnútra Vladimír Palko. Polícii nebol nahlásený žiaden incident týkajúci sa priebehu hlasovania. Celkovo 4 525 policajtov dohliadalo na nerušené konanie referenda a verejný poriadok v sídle Ústrednej volebnej komisie, Štatistického úradu SR, okresných i okrskových volebných komisií. Ministerstvo vnútra zabezpečilo pre potreby komisií nepretržitú prevádzku registra obyvateľov SR. Hlasovanie bolo umožnené aj osobám v celách policajného zaistenia. Zadržané osoby, ktoré mali pri sebe voličské preukazy, polícia informovala o možnosti hlasovania do prenosnej volebnej urny. Po sčítaní referendových lístkov polícia zabezpečila sprievod na prenos dokumentov ústrednej komisii.