Britský pilot stajne McLaren-Mercedes zvládol 4563-metrový okruh na úpätí hory Fudži za 1:25,368 min. Je to už štvrtá pole position pre anglického nováčika v tejto sezóne, tentokrát o nej rozhodol v napínavom poslednom kole dažďom ovplyvnenej kvalifikácie, v ktorom odsunul na druhú priečku dovtedy vedúceho tímového kolegu Fernanda Alonsa. Tretie a štvrté miesto obsadili pretekári Ferrari v poradí Kimi Räikkönen a Felipe Massa. Pre intenzívny dážď bola kvalifikácia na chvíľu prerušená, nepriaznivé počasie si odniesol najmä jazdec Toyoty Ralf Schumacher, ktorý mal kolíziu s domácim pilotom vo farbách Sakonom Jamamatom. Napriek tomu sa brat slávnejšieho Michaela prebojoval cez prvú fázu kvalifikácie v trvaní 2x15 min, po ktorej sa už pokračovalo bez šiestich posledných pretekárov. Organizátori zdôvodnili prerušenie aj faktom, že sa jazdilo na novej trati (pod horou Fudži sa naposledy konali preteky formuly 1 v roku 1977) a tak si piloti musia na zmodernizovaný okruh zvyknúť.
VC Japonska - sobotňajšia kvalifikácia:
1. Lewis Hamilton (V. Brit.) McLaren-Mercedes 1:25,368 min, 2. Fernando Alonso (Šp.) McLaren-Mercedes 1:25,438, 3. Kimi Räikkönen (Fín.) Ferrari 1:25,517, 4. Felipe Massa (Braz.) Ferrari 1:25,765, 5. Nick Heidfeld (Nem.) BMW-Sauber 1:26,505, 6. Nico Rosberg (Nem.) Williams 1:26,728 - pre výmenu motora sa na štartovom rošte posunie o 10 miest dozadu, 7. Jenson Button (V. Brit.) Honda 1:26,913, 8. Mark Webber (Austr.) Red Bull 1:26,914, 9. Sebastian Vettel (Nem.) Toro Rosso 1:26,973, 10. Robert Kubica (Poľ.) BMW-Sauber 1:27,225, 11. Giancarlo Fisichella (Tal.) Renault 1:26,033, 12. Heikki Kovalainen (Fín.) Renault 1:26,232, 13. David Coulthard (V. Brit.) Red Bull 1:26,247, 14. Jarno Trulli (Tal.) Toyota 1:26,253, 15. Vitantonio Liuzzi (Tal.) Toro Rosso 1:26,948, 16. Ralf Schumacher (Nem.) Toyota bez času, 17. Rubens Barrichello (Braz.) Honda 1:28,323, 18. Alexander Wurz (Rak.) Williams 1:28,454, 19. Anthony Davidson (V. Brit.) Super Aguri 1:28,564, 20. Adrian Sutil (Nem.) Spyker 1:28,628, 21. Takuma Sato (Jap.) Super Aguri 1:28,792, 22. Sakon Yamamoto (Jap.) Spyker 1:29,668