Podľa informácií svojej rodiny prehral dlhý boj s rakovinou pľúc. "S hlbokým zármutkom oznamujeme, že náš milovaný Michael, jeden z najuznávanejších a najlepších švédskych hercov, skonal pokojne v kruhu svojej rodiny," uviedla vo vyhlásení citovanom agentúrou AP hercova agentka Jenny Tversky.
Nyqvista preslávila najmä úloha novinára Mikaela Blomkvista vo švédskej filmovej trilógii Millennium, ktorú tvoria tituly Muži, ktorí nenávidia ženy, Dievča, ktoré sa hralo s ohňom a Dievča, ktoré koplo do osieho hniezda.
Zahral si aj v niekoľkých amerických filmoch: po boku Toma Cruisa sa objavil v snímke Mission: Impossible 4 (2011), s Keanu Reevesom účinkoval v akčnom filme John Wick (2014).
Pred dvoma rokmi stvárnil úlohu v dráme Kolónia nemeckého režiséra Floriana Gallenbergera, vlani v americkom trileri Frank a Lola (2016). Jeho posledným filmom, ktorý bude mať premiéru už po jeho úmrtí, je tragický príbeh ruskej ponorky Kursk.