Pápeža Jána Pavla II. postrelili 13. mája 1981 na Námestí sv. Petra v Ríme. Útočník, 48-ročný Turek Mehmet Ali Agca, skončil za mrežami. V talianskom väzení bol 19 rokov a v roku 2000 ho previezli do Turecka. Prepustili ho v januári tohto roku vďaka amnestii a zmenám v tureckom Trestnom zákonníku. Ali Agca varoval aj Benedikta XVI. pred nebezpečenstvom atentátu počas jeho návštevy Turecka.
Ján Pavol II. navštívil dva roky po útoku svojho atentátnika vo väzení. Obaja spolu chvíľu hovorili osamote. Vtedajší pápež sa k tomu vyjadril krátko: "O čom sme hovorili, ostane tajomstvom medzi nami. Hovoril som s ním ako brat, ktorý mu odpustil a ktorý mu úplne dôveruje."
Okolnosti atentátu dodnes nie sú celkom jasné. Agca počas procesu viackrát menil výpovede a svoj motív nikdy dostatočne nevysvetlil. Jedna z verzií hovorila aj o tom, že v pozadí útoku bol vtedajší komunistický Sovietsky zväz, ktorý sa cítil ohrozený protikomunistickým ťažením pápeža. Ján Pavol II. zomrel v marci 2005.