V okamihu smrti bol pri Jánovi Pavlovi II. aj jeho blízky priateľ, slovenský kardinál Jozef Tomko. Tento slovenský kardinál patril tiež medzi blízkych priateľov pápeža. Podľa prepisu posledných 97 minút pápeža, ktoré zverejnila Svätá stolica, Tomko bol pri pápežovi vzápätí po jeho smrti. Za biskupa ho ešte v roku 1979 vysvätil samotný pápež, tento akt sa udial priamo vo vatikánskej Sixtínskej kaplnke na sviatok Sedembolestnej Panny Márie, patrónky Slovenska. Za kardinála ho Ján Pavol II. vymenoval o šesť rokov neskôr. V tom čase bol jeho pravou rukou pre misijnú prácu a často ho sprevádzal na apoštolských cestách. Hodinu a pol pred smrťou odslúžil jeho dôverník, arcibiskup Stanislaw Dziwisz, poľský kardinál Marian Jaworski a ďalší dvaja poľskí preláti - arcibiskup Stanislaw Rylko a monsignor Mieczyslaw Mokrzycki omšu. Po nej pápežovi udelil už po niekoľkýkrát posledné pomazanie a prijímanie. V čase smrti bol pri ňom aj duchovný Tadeusz Styczen, tri zdravotné sestry z radov mníšok a ich nadriadená, sestra Tobiana Sobodková a pápežov osobný lekár Renato Buzzonetti spolu s ďalšími dvoma lekármi a dvoma zdravotnými sestrami. Po úmrtí prišli predstavitelia, ktorí vykonávajú následné úkony - štátny sekretár Angelo Sodano a kardinál-kamerlengo Eduardo Martínez Somalo a ich zástupcovia Leonardo Sandri a Paolo Sardi. Potom vstúpil kardinál Joseph Ratzinger spolu s Jozefom Tomkom.