So schválením novej Európskej komisie jej šéf José Manuel Barroso zároveň vyhovel žiadosti troch frakcií Európskeho parlamentu, aby zákonodarcovia mali právo navrhovať výmenu jednotlivých komisárov. Keďže im to legislatíva únie neumožňuje, problém sa riešil schválením rezolúcie. Tá zaväzuje predsedu komisie, aby požiadal o demisiu komisára, ktorý stratí dôveru parlamentu. Toto pravidlo sa dostane aj do novej rámcovej dohody o spolupráci medzi oboma inštitúciami. Liberáli, socialisti a zelení od Barrosu žiadali túto poistku najmä kvôli kontroverznej holandskej komisárke Neelie Kroesovej. Šéf komisie nezmenil jej portfólio hospodársku súťaž napriek tomu, že v súvislosti s ňou sa hovorilo o konflikte záujmov, keďže bola členkou vedenia asi 20 veľkých firiem. Ďalším z dôvodov je podľa socialistického poslanca Jana Marinusa Wiersmu skúsenosť s tímom Romana Prodiho. Šéfovia komisie majú málo odvahy zasiahnuť proti komisárom. Príkladom bol prípad komisára Pedra Solbesa, ktorého chceli europoslanci odvolať kvôli afére okolo Eurostatu, Prodi ho však podporil.
Poslankyňa za zelených Monica Frassoniová uviedla, že Kroesová je "mínou" v komisii. Kroesová by sa mohla kompromitovať už onedlho. Komisia vyšetruje prípady ako zákaz fixovania cien v lodiarskom priemysle či stanovenie cien za služby mobilných operátorov. "Je veľmi nebezpečná pre kredibilitu komisie," dodala. Barroso komisárku bránil argumentom, že únia má transparentné mechanizmy, aby sa vyhla konfliktom záujmov. Prípady, ktoré spomenula Frassoniová sú podľa neho len kvapkou v mori v porovnaní s 561 spormi.
Aj samotná Holanďanka počas vypočúvania europoslancov ubezpečila, že ako komisárka pre hospodársku súťaž bude nezávislá a nestranná. Bohaté podnikateľské skúsenosti označila počas pohovoru v europarlamente za svoju výhodu. "Moja úloha bude úlohou rozhodcu. Žiadame však vo futbale rozhodcu, aby nemal rád hru? Nie, žiadame nestrannosť v uplatňovaní pravidiel, ale tiež to, aby hru dokonale ovládal. To isté platí tu: budem nezávislá, nestranná a zároveň rozumiem podnikaniu," vyhlásila Kroesová. Ešte donedávna pôsobila vo firmách a združeniach v celom rade odvetví od telekomunikácií, cez hutníctvo, dopravu a logistiku, až po sieť rýchleho občerstvenia. Jej majetkové priznanie má až 14 strán. Sedela napríklad v dozorných, správnych či poradných radách firiem ako Volvo, McDonald´s, Royal P & O Neddloyd, Holandské železnice, Lucent či KLM. V Bruseli to vyvolalo obavy, že ako komisárka pre hospodársku súťaž sa pri riešení sporov s nimi dostane do konfliktu záujmov. Kroesová sa preto k 1. septembru vzdala všetkých postov. Zároveň sa zaviazala, že nebude zasahovať do prípadov týkajúcich sa firiem, s ktorými mala v minulosti do činenia. Predala všetky svoje akcie a cenné papiere. Sľúbila, že po ukončení svojho mandátu sa nezapojí do obchodných aktivít.