Úlohou maltského predsedníctva bude okrem iného popasovať sa s najdôležitejšími témami. K tým patrí určite migrácia, terorizmus, bezpečnosť či zjednotená Európa. Malta aj vo svojich prioritách uvádza zjednodušenie azylového systému, konkrétnu víziu však nepredstavili. Chcú však vytvoriť Európsku azylovú agentúru, ktorá by dohliadala na prerozdeľovanie utečencov a mala by za cieľ tiež poskytovať pomoc. Malta zároveň patrila ku krajinám, v ktorých sa slovenský návrh efektívnej solidarity nestretol s nadšením. Náš návrh riešenia migračnej politiky sa totiž zakladal na myšlienke zrušenia povinných kvót a krajiny, ktoré by utečencov neprijali, by mohli prispieť inou pomocou, napríklad finančnou. Podľa Malty však peniaze nevyriešia problémy malých krajín, do ktorých prídu obrovské množstvá utečencov. Slovenský minister vnútra Róbert Kaliňák však podľa najnovších informácií v tejto veci komunikoval s maltským ministrom Carmelom Abelom a údajne chce krajina v našej koncepcii pokračovať.
Vo svetle nových teroristických útokov v Berlíne nastáva pre Maltu neľahká úloha. Väčšia miera bezpečnosti je zahrnutá v ich prioritách, po decembrových udalostiach si však na túto oblasť určite posvietia oveľa viac. Podľa posledného prieskumu Eurobarometra občania Európskej únie považujú terorizmus za druhý najväčší problém, akému EÚ čelí. Prvé skončilo prisťahovalectvo. Prieskum však nestihol zachytiť nálady po teroristickom útoku v Nemecku. Slovenské predsedníctvo v tejto oblasti prijalo smernicu, ktorá nahradí doterajší trestnoprávny rámec EÚ v nadväznosti na aktuálne výzvy.
Brexit zostáva naďalej aktuálnou témou, pre maltské predsedníctvo veľmi horúcou. Britský parlament totiž podporil harmonogram vlády, podľa ktorého sa proces odchodu má spustiť do marca 2017, počas šéfovania Malty. V tejto súvislosti je preto dôležité zjednotiť Úniu a prinavrátiť ľuďom dôveru v jej inštitúcie. Podľa spomínaného prieskumu Eurobarometra patria Malťania k jedným z najpozitívnejších národov, čo sa týka budúcnosti EÚ.